Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định 1402/QĐ-TTg ngày 13/7/2016 về việc phê duyệt Kế hoạch tổng thể và lộ trình áp dụng ĐTQM giai đoạn 2016-2025, sau 3 năm triển khai chính thức, ĐTQM đã đạt được một số kết quả nhất định, từng bước khẳng định hướng đi đúng đắn và vai trò quan trọng trong việc đảm bảo các tiêu chí cạnh tranh, công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế, là công cụ hữu hiệu trong công tác phòng, chống tham nhũng, đẩy lùi vi phạm, tiêu cực trong đấu thầu. Giai đoạn 2016-2018, tổng số gói thầu ĐTQM đạt 30.527 gói với tổng giá gói thầu là 61.872 tỷ đồng và tổng giá trúng thầu là 57.266 tỷ đồng, đạt tỷ lệ tiết kiệm 7,44 %.
Bên cạnh những kết quả đã đạt được, theo đại diện Bộ KH&ĐT, vẫn còn tồn tại một số hạn chế như: tỷ lệ ĐTQM không đạt chỉ tiêu theo lộ trình quy định; tính cạnh tranh, hiệu quả kinh tế của ĐTQM chưa được khai thác tối đa; tổng giá trị gói thầu ĐTQM chiếm tỷ trọng chưa cao; giá trị pháp lý của văn bản điện tử giao dịch trên Hệ thống chưa được các bên liên quan nhận thức và công nhận đầy đủ.
Trên cơ sở kết quả đạt được và nhận thức những tồn tại, hạn chế trong thời gian qua, Bộ KH&ĐT đề xuất 4 nhóm giải pháp. Thứ nhất, xây dựng lộ trình áp dụng ĐTQM giai đoạn 2019-2025 trên cơ sở tính chất gói thầu. Thứ hai, tăng cường công tác kiểm tra, giám sát gắn với trách nhiệm của người đứng đầu các đơn vị. Thứ ba, đẩy mạnh truyền thông, đào tạo về ĐTQM. Thứ tư, xây dựng hệ thống tổng thể theo mô hình đối tác công tư (PPP).
Do Hệ thống hiện tại sẽ tiếp tục được sử dụng đến năm 2021 trước khi được thay thế bằng Hệ thống tổng thể theo hình thức PPP với kỳ vọng nhiều tính năng, đáp ứng được các gói thầu phức tạp, quy mô lớn, Bộ KH&ĐT đề xuất chia lộ trình ĐTQM giai đoạn 2019-2025 thành hai thời kỳ là 2019-2021 tiếp tục thực hiện trên Hệ thống hiện tại và giai đoạn 2022-2025 sau khi Hệ thống mới được hoàn thành và đưa vào sử dụng.
Cụ thể, thời kỳ 2019-2021, đối với bộ, ngành, địa phương, tổng công ty nhà nước, tập đoàn nhà nước thực hiện ĐTQM 100% các gói thầu có hình thức lựa chọn nhà thầu là chào hàng cạnh tranh và đấu thầu rộng rãi. Trong đó, đối với các gói thầu thuộc lĩnh vực hàng hóa, phi tư vấn, tư vấn: năm 2019 áp dụng với gói thầu ≤ 2 tỷ đồng, năm 2020 áp dụng với với thầu ≤ 5 tỷ đồng, năm 2021 áp dụng với gói thầu ≤ 10 tỷ đồng. Đối với các gói thầu thuộc lĩnh vực xây lắp: năm 2019 áp dụng với gói thầu ≤ 5 tỷ đồng, năm 2020 áp dụng với gói thầu ≤ 10 tỷ đồng, năm 2021 áp dụng với gói thầu ≤ 20 tỷ đồng. Đồng thời, khuyến khích áp dụng ĐTQM đối với những gói thầu ngoài phạm vi nêu trên.
Quy định về tỷ lệ số lượng gói thầu ĐTQM, năm 2019 là 50%, năm 2020 là 60% và năm 2021 là 70%. Về tỷ lệ tổng giá trị gói thầu ĐTQM năm 2019 là 15%, năm 2020 là 25% và năm 2021 là 35%.
Về thời kỳ 2022-2025, trên cơ sở kết quả triển khai thời kỳ 2019-2021 và tình hình thực tế, Bộ KH&ĐT ban hành quy định về lộ trình cho giai đoạn 2019-2025 theo hướng tăng tỷ lệ về số lượng và giá trị gói thầu ĐTQM, phù hợp với tính năng của hệ thống mạng đấu thầu quốc gia tổng thể theo hình thức PPP đảm bảo đạt được mục tiêu theo quy định tại Quyết định 1402/QĐ-TTg ngày 13/7/2016 của Thủ tướng Chính phủ là: 100% các thông tin trong quá trình lựa chọn nhà thầu, thực hiện hợp đồng được đăng tải công khai trên Hệ thống mạng đấu thầu quốc gia; tối thiểu 70% số lượng gói thầu thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Đấu thầu thực hiện trên Hệ thống mạng đấu thầu quốc gia; 100% hoạt động mua sắm thường xuyên được thực hiện trên Hệ thống mạng đấu thầu quốc gia, áp dụng mua sắm tập trung trên Hệ thống mạng đấu thầu quốc gia.