Theo đó, việc sắp xếp tổ chức bộ máy đảm bảo theo đúng Nghị quyết 18-NQ/TW ngày 25/10/2017 của BCH T.Ư khóa XII, Nghị quyết 04-NQ/BCSĐ ngày 30/3/2018 của Ban Cán sự Đảng Bộ Tài chính về việc triển khai Nghị quyết 18-NQ/TW; Quyết định 444/QĐ-BTC ngày 30/3/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Kế hoạch hành động của Bộ Tài chính thực hiện Nghị quyết 18-NQ/TW đảm bảo tinh gọn, hiệu quả, ổn định, không ảnh hưởng đến hiệu quả công việc, đảm bảo hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao. Việc sắp xếp lại tổ chức bộ máy cần phải có lộ trình, không gây xáo trộn lớn về tổ chức, nhân sự, tâm lý, tư tưởng công chức và người lao động, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa và thực hiện tinh giản biên chế.
Về lộ trình triển khai, từ nay đến cuối năm 2020 đảm bảo mục tiêu giảm tối thiểu 50% tổng số các chi cục thuế hiện có trong toàn ngành. Cụ thể: từ nay đến cuối năm 2018 thực hiện sắp xếp lại 327 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thuộc 63 cục thuế thành 154 chi cục thuế khu vực (giảm 173 chi cục). Trong đó, thực hiện ghép 192 chi cục thuế thành 90 chi cục thuế khu vực (giảm 102 chi cục), hoàn thành trước 1/7/2018; thực hiện ghép 135 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thành 64 chi cục thuế khu vực (giảm 71 chi cục), hoàn thành trước 1/9/2018.
Năm 2019 thực hiện sắp xếp lại 53 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 25 chi cục thuế khu vực (giảm 28 chi cục). Năm 2020 thực hiện sắp xếp lại 168 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 78 chi cục thuế khu vực (giảm 90 chi cục).
Thực hiện chủ trương của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định 855/QĐ-TCT ngày 24/4/2018 thành lập Ban chỉ đạo triển khai, đảm bảo thực hiện đề án thành lập chi cục thuế khu vực theo đúng lộ trình, kế hoạch đề ra. Nhiều cục thuế các tỉnh, TP đã quán triệt đến cán bộ chủ chốt trong nội bộ ngành về mục đích, ý nghĩa của việc sắp xếp lại tổ chức bộ máy chi cục thuế, nhằm nâng cao nhận thức tư tưởng cán bộ công chức, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa và thực hiện tinh giản biên chế. Cùng với đó, nhiều cục thuế đã chủ động báo cáo kế hoạch sắp xếp, sáp nhập chi cục thuế trên địa bàn tỉnh, TP để tranh thủ sự chỉ đạo của cấp ủy và chính quyền địa phương.
Tuy nhiên, do sắp xếp lại tổ chức bộ máy, thực hiện tinh giản biên chế có liên quan đến con người, được triển khai đồng bộ trong thời gian ngắn… nên không khỏi phát sinh khó khăn, vướng mắc. Một số cục thuế kiến nghị Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có hướng dẫn thêm để không gây xáo trộn, ảnh hưởng đến công tác thu ngân sách trên địa bàn.