Ngoài những nhiệm vụ thường xuyên đã được quy định cụ thể trong Luật Hải quan, hiện nay, Tổng cục Hải quan được Chính phủ tin tưởng giao làm Cơ quan Thường trực của Ủy ban Chỉ đạo quốc gia về Cơ chế một cửa ASEAN (ASW), Cơ chế một cửa quốc gia (NSW) và Tạo thuận lợi thương mại; Thường trực Ban chỉ đạo chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả (Ban 389 quốc gia); chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành thực hiện Đề án giải pháp nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động kiểm tra chuyên ngành. Hải quan là một trong 4 lực lượng theo quy định của pháp luật (cùng với Quân đội, Công an, Kiểm lâm) được trang bị vũ khí, công cụ hỗ trợ để phục vụ yêu cầu nhiệm vụ chống buôn lậu, gian lận thương mại, bảo vệ chủ quyền an ninh kinh tế đất nước.
Ông Nguyễn Văn Cẩn, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan khẳng định: “Điều này khẳng định vị thế, vai trò của Hải quan Việt Nam ngày càng được Đảng, Nhà nước ghi nhận trong sự nghiệp xây dựng, phát triển đất nước, nhất là Việt Nam đang hội nhập quốc tế sâu, rộng và toàn diện, trong bối cảnh quốc tế có nhiều biến động khó lường”.
Cũng theo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, các kết quả, thành tích và đóng góp của toàn Ngành thể hiện trên nhiều lĩnh vực công tác, nhưng nổi bật phải kể đến sự đóng góp trong nhiệm vụ thu NSNN. Đây là nhiệm vụ xuyên suốt của Hải quan Việt Nam ngay từ khi mới thành lập và từng năm chúng ta luôn nỗ lực, quyết tâm cao độ để hoàn thành nhiệm vụ, góp phần đảm bảo tiềm lực, an ninh tài chính quốc gia.
Đóng góp quan trọng nữa là trên mặt trận đấu tranh phòng, chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả. Toàn Ngành đã tập trung đấu tranh quyết liệt vào các đường dây, ổ nhóm và phòng ngừa, ngăn chặn, triệt phá nhiều vụ buôn lậu, vận chuyển hàng cấm như ngà voi, tê tê, ma túy...; đồng thời tăng cường kiểm tra, xử lý các vụ việc gian lận, trốn thuế… góp phần chống thất thu ngân sách, kiến tạo môi trường sản xuất kinh doanh công bằng, minh bạch, góp phần bảo vệ an ninh, an toàn cộng đồng.
Đặc biệt, những năm gần đây công tác hiện đại hóa hải quan đã góp phần quan trọng vào việc thực hiện hiệu quả chủ trương của Chính phủ trong quyết tâm cải cách thủ tục hành chính, giảm thời gian thông quan hàng hóa, tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia, thu hút đầu tư nước ngoài. Đây cũng là nhiệm vụ quan trọng để xây dựng Hải quan Việt Nam hiện đại, chuyên nghiệp theo mục tiêu đặt ra trong Chiến lược phát triển Hải quan đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Về công tác cải cách, hiện đại hóa là một đòi hỏi tất yếu, một nhiệm vụ trọng tâm, xuyên suốt của Hải quan Việt Nam theo đánh giá của người dân và doanh nghiệp, công tác này đã đạt những kết quả quan trọng, được sự đánh giá cao của Chính phủ, các bộ, ngành, nhất là cộng đồng DN. Tuy nhiên, theo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Nguyễn Văn Cẩn, kết quả đó mới là bước đầu. Trong bối cảnh hiện nay và hướng tới tiếp tục xây dựng cơ quan Hải quan hiện đại, chuyên nghiệp, thì bài toán đặt ra đối với ngành Hải quan là phải thực hiện song hành, đồng bộ cả 2 nhiệm vụ là tạo thuận lợi thương mại và quản lý nhà nước về hải quan theo hướng thực chất, hiệu quả. Việc nâng cao hiệu quả quản lý của cơ quan Hải quan cũng sẽ tạo thuận lợi cho cộng đồng DN làm ăn chân chính.
Do đó, lãnh đạo Tổng cục Hải quan cho biết, trong những năm tiếp theo, tiến trình hiện đại hóa hải quan cần hướng tới những mục tiêu cao hơn, đảm bảo thực hiện đúng tinh thần đổi mới, cải cách của Luật Hải quan, đồng thời chú trọng nâng cao hiệu quả công tác kiểm tra, kiểm soát, giám sát hải quan theo hướng chuyên sâu, chuyên nghiệp. Đặc biệt là nhiệm vụ kiểm tra, giám sát hải quan phải được thực hiện trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý tập trung trước, trong và sau thông quan, kết nối đồng bộ với ứng dụng trang thiết bị hiện đại.