Gần một tháng sau khi toà án trả hồ sơ yêu cầu xem xét lại tội danh, ngày 19/10, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bắc Ninh đã có kết luận điều tra với hai bị cáo liên quan vụ nhắn tin đe doạ Chủ tịch tỉnh Bắc Ninh và Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh
Theo đó, cơ quan công an chuyển tội danh khởi tố với bị can Nguyễn Trọng Phương (SN 1980, ở quận Ba Đình, Hà Nội) từ tội danh "Khủng bố" sang tội "Đe doạ giết người". Người thứ hai liên quan vụ án là Trần Anh Thuận (SN 1981, ở TP. Bắc Ninh, tỉnh Bắc Ninh) được đình chỉ điều tra tội "Không tố giác tội phạm" do được đánh giá vì chuyển biến của tình hình nên hành vi không còn nguy hiểm cho xã hội.
Trước đó, ngày 26/9, các bị cáo bị TAND tỉnh Bắc Ninh đưa ra xét xử. Tuy nhiên, phiên tòa đã vắng 2 trong 3 số nhân chứng được triệu tập hợp lệ. Đại diện VKS có ý kiến cho rằng anh Ngô Thành Sơn là người làm chứng rất quan trọng nên đề nghị HĐXX hoãn phiên tòa. Sau khi hội ý, HĐXX đồng ý với đề nghị này và tuyên bố hoãn phiên tòa.
Phương và vợ vốn làm chủ Công ty TNHH Song Lộc (gọi tắt là Công ty Song Lộc) với nhiều ngành nghề kinh doanh, trong đó có vật liệu xây dựng và khai thác cát sỏi.
Trong quá trình làm ăn, Phương quen biết với anh Ngô Thành Sơn (SN 1980) – Chủ tịch HĐQT Công ty Trục vớt luồng hạ lưu và Trần Anh Thuận – Phó giám đốc Công ty CP Xuất nhập khẩu và vận tải Khánh Nguyên.
Tháng 9/2015, Công ty Song Lộc đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh cho phép được nạo vét thanh thải và tận thu sản phẩm trên sông Đuống (từ Km 03 đến Km 14), thuộc xã Cao Đức đến xã Đại Lai (huyện Gia Bình) và tại xã Đào Viên (huyện Quế Võ) nhưng không được chấp thuận vì sẽ gây sạt lở bờ sông.
Sau đó, Phương thấy công ty của anh Sơn vẫn được cấp phép hoạt động trên sông Cầu, thuộc địa phận tỉnh Bắc Giang nên Phương nảy sinh ý định nhắn tin cho ông Nguyễn Tử Quỳnh – Chủ tịch tỉnh Bắc Ninh và Đại tá Phạm Hồng Sơn - Ủy viên BTV Tỉnh ủy, Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh nhằm mục đích đe dọa để Phương được cấp phép khai thác cát trên sông Đuống.
Để thực hiện hành vi phạm tội, Phương trao đổi và chỉ đạo Trần Anh Thuận mua sim và điện thoại mới chỉ để nhắn tin đe dọa lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh và khi nhắn tin xong thì lập tức hủy bỏ ngay.
Ngoài ra, Phương còn dặn Thuận khi nào nhắn tin khủng bố thì phải đến gần nhà anh Sơn thao tác với mục đích nếu CQĐT lần ra địa chỉ thì sẽ nghĩ là anh Sơn làm.
Vài ngày sau, Phương gặp Thuận và hỏi thì Thuận nói dối đã chỉ đạo đàn em làm theo cách của Phương nhưng trên thực tế Thuận đã không dám làm theo kế hoạch này.
Đến chiều 23/1/2017, Phương lái ô tô riêng về nhà người họ hàng ở huyện Văn Giang (Hưng Yên) chơi, sau đó rủ người em họ đi chơi cùng. Trên đường đi, Phương bảo người em họ lái ô tô chở sang Bắc Ninh rồi Phương gọi cho vợ để lấy số điện thoại của các đồng chí lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh.
Tối cùng ngày, tại một quán nước gần cổng Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bắc Ninh, Phương đã dùng sim điện thoại mới mua nhắn liên tiếp 10 tin nhắn đe dọa tới số điện thoại của đồng chí Nguyễn Tử Quỳnh – Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh.
Theo nội dung cáo trạng thể hiện thì trong số các tin nhắn đe dọa đồng chí Quỳnh, Phương còn nhắc tới cả vụ án nổ súng xảy ra ở tỉnh Yên Bái. Sau đó, trên đường về Hà Nội, Phương đã vứt bỏ “tang vật” xuống sông.
Sự việc nhanh chóng được đẩy lên cao trào, mạng xã hội liên tục đồn đoán về sự việc Chủ tịch tỉnh Bắc Ninh bị đe dọa, ngày 16/3/2017, Phương nhắn tin cho Thuận biết chính mình là người đã nhắn tin đe dọa đồng chí Chủ tịch tỉnh Bắc Ninh.
