Theo kết quả điều tra, trong thời gian giữ chức vụ Giám đốc Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh Quảng Bình, đơn vị trực thuộc Sở Lao động – Thương binh và Xã hội tỉnh Quảng Bình, ông Sỹ đã không theo dõi, kiểm tra việc thu chi tại đơn vị; không sâu sát, thiếu kiểm tra đôn đốc giám sát công tác quản lý tài chính kế toán; không cùng thủ quỹ, kế toán kiểm kê quỹ tiền mặt để phát hiện thừa thiếu tiền tại quỹ; để cán bộ cấp dưới của đơn vị lợi dụng rút tiền từ ngân hàng không gửi tiết kiệm và không nhập quỹ; chi tiền nộp ngân hàng nhưng không nộp; thu tiền của các cơ quan, đơn vị ủng hộ nhưng không nhập quỹ để tăng nguồn thu mà sử dụng vào mục đích cá nhân với số tiền hơn 1,1 tỷ đồng.
Trước đó, cơ quan Công an tỉnh Quảng Bình cũng đã quyết định khởi tố bị can đối với Hoàng Thị Hường - thủ quỹ và Trần Thị Thủy - kế toán của Quỹ này về tội “tham ô tài sản”. Đối tượng Thủy bị tạm giam 4 tháng, còn đối tượng Hương được áp dụng lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú.
Trong thời gian từ năm 2014 - 2017, 2 đối tượng trên đã có dấu hiệu làm giả hồ sơ, chứng từ, thanh toán khống, nhằm chiếm đoạt số tiền hơn 992 triệu đồng. Các đối tượng đã nhiều lần rút tiền gửi của Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh Quảng Bình nhưng không gửi lại tiết kiệm, không ghi sổ sách kế toán mà để sử dụng vào mục đích cá nhân...
