Hội đồng do Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Chủ tịch, Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Các ủy viên Hội đồng gồm lãnh đạo các Bộ, ngành: Giao thông vận tải, Tài chính, Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Công Thương, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Quốc phòng, Công an, Khoa học và Công nghệ, Ngoại giao, Tư pháp, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Thông tin và Truyền thông; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; lãnh đạo Ủy ban quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp; lãnh đạo Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố: Hà Nội, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Đồng Nai, Thành phố Hồ Chí Minh.
Trách nhiệm, quyền hạn của Hội đồng, Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, cơ quan thường trực Hội đồng và Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành được thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 131/2015/NĐ-CP ngày 25/12/2015 của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia.
Hội đồng được thuê liên danh tư vấn trong nước và tư vấn nước ngoài bảo đảm độc lập, khách quan với tư vấn lập Dự án để thẩm tra Báo cáo NCTKT Dự án theo đúng quy định. Việc thuê tư vấn thẩm tra và chi phí thẩm định, thẩm tra Dự án thực hiện theo quy định tại các Điều 10, Điều 11, Điều 12 Nghị định số 131/2015/NĐ-CP.
Hội đồng được sử dụng con dấu và tài khoản (nếu cần) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng.
