Đánh giá việc thực hiện các nghị quyết của Chính phủ, công tác cải cách thủ tục hành chính (TTHC) của Bộ Tài chính đã chuyển biến tích cực và hiệu quả, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình lưu ý về một số hạn chế trong công tác này của Bộ, trong đó việc ban hành văn bản có một số nội dung quy định chưa rõ ràng, tạo ra cách hiểu không thống nhất giữa cơ quan hải quan, cơ quan liên quan, DN và việc áp dụng không thống nhất giữa các đơn vị.
Còn vướng mắc trong các quy định về hóa đơn, chứng từ; chồng chéo giữa thủ tục thuế và hải quan khi xuất khẩu, thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế tại DN. Việc thực hiện TTHC trên một số lĩnh vực còn gây khó khăn, phiền hà cho DN...
Do đó, để thúc đẩy mạnh mẽ hơn nữa công tác cải cách hành chính, trong thời gian tới, Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ Tài chính cần thực hiện đồng bộ, toàn diện các giải pháp để tiếp tục tháo gỡ khó khăn cho người dân và DN; đẩy mạnh cải cách TTHC về thuế và hải quan, rút ngắn quy trình xử lý, giảm thời gian thực hiện. Hiện đại hóa, ứng dụng công nghệ thông tin; bảo đảm công khai, minh bạch và nâng cao trách nhiệm của cơ quan hành chính nhà nước; tăng cường kỷ luật, kỷ cương, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước, lấy sự hài lòng của người dân, DN làm thước đo đánh giá.
Bộ Tài chính tiếp tục đề cao trách nhiệm phối hợp với các bộ, ngành và các đơn vị trong Bộ; rà soát chính sách, pháp luật, đề xuất kiến nghị phương án xử lý; điều chỉnh các TTHC trùng lắp, không thực sự cần thiết hoặc có thể khai thác dữ liệu ở các nguồn thông tin khác. Thực hiện nghiêm việc cập nhật, công bố kịp thời danh mục TTHC; công khai quy trình thủ tục, hồ sơ cụ thể đối với từng khâu nghiệp vụ; hoàn thuế, miễn giảm thuế, quyết toán thuế… tạo thuận lợi cho người nộp thuế và giảm chi phí hành chính đối với cán bộ thuế.
Phó Thủ tướng cũng yêu cầu Bộ Tài chính nâng cấp hạ tầng công nghệ thông tin trong lĩnh vực thuế, hải quan để khắc phục kịp thời những bất cập về cơ sở hạ tầng và phần mềm ứng dụng; thực hiện dịch vụ công trực tuyến ở mức độ cao trong giải quyết TTHC thuộc thẩm quyền của Bộ.
Đồng thời sớm trình Chính phủ nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực kinh tế và sự nghiệp khác; phối hợp với các bộ, ngành liên quan xây dựng các nghị định về cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trên 7 lĩnh vực là y tế; giáo dục và đào tạo; dạy nghề; văn hóa, thể thao và du lịch; khoa học và công nghệ; thông tin truyền thông, đơn vị sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác… để bảo đảm hiệu quả hoạt động của những đơn vị này.