Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch được thành lập trên cơ sở Trung tâm Đào tạo bồi dưỡng cán bộ y tế TP theo Quyết định 24/QĐ-TTg ngày 7/1/2008 của Thủ tướng. Trường là cơ sở giáo dục đại học công lập nằm trong hệ thống giáo dục quốc dân, chịu sự quản lý trực tiếp của UBND TP, sự quản lý nghiệp vụ của Bộ GD&ĐT, sự quản lý chuyên môn của Bộ Y tế.
Với việc quản lý, sử dụng tài chính, tài sản, trường chưa thực hiện công tác công khai tài chính đầy đủ theo quy định về nội dung và hình thức, chưa thực hiện quy định về in và lưu trữ sổ kế toán. Trường chưa lập kế hoạch và ban hành thông báo điều chỉnh mức thu học phí năm học 2022 - 2023 theo tại khoản 2 Nghị quyết 165/NQ-CP ngày 20/12/2022 của Chính phủ về học phí năm học 2022 - 2023.
Trường không thực hiện hạch toán các nguồn thu, các khoản chi theo từng nội dung thu theo khoản 3 Điều 6 Nghị định 60/2021/NĐ-CP; chưa phản ánh đầy đủ, kịp thời khoản thu tiền mặt phí khám bệnh tại Phòng khám đa khoa theo Luật Kế toán.
Trường không gửi Quy chế chi tiêu nội bộ năm 2022 đến Sở Tài chính theo Thông tư 56/2022/TT-BTC. Trường sử dụng quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp không đúng quy định. Qua thanh tra phát hiện hồ sơ tạm ứng, thanh toán tạm ứng có một số thiếu sót.
Việc sử dụng tài sản - mặt bằng của trường để cho thuê làm bãi giữ xe cho sinh viên, thư quán khi chưa được cấp thẩm quyền phê duyệt đề án sử dụng tài sản công vào mục đích kinh doanh, cho thuê, liên doanh, liên kết; và không tổ chức đấu thầu; là chưa đúng quy định.
Thanh tra TP kiến nghị Chủ tịch UBND TP chỉ đạo giao Hiệu trưởng Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể và cá nhân liên quan đến các thiếu sót, sai phạm.
