Tuy nhiên tại tòa, bị cáo Huỳnh Hữu Hậu xuất trình một đoạn ghi âm ghi nhận về việc Dũng chỉ đạo Hậu “làm việc”. Do đó, tòa đã quyết định trả hồ sơ điều tra bổ sung vụ án.
Theo cáo trạng, năm 2010 Trần Trung Dũng được bổ nhiệm giữ chức Hiệu trưởng Trường TDTT Cần Thơ. Trong thời gian giữ chức tại trường Dũng có phân công Linh và Nguyễn Lang Thùy (có 1 tiền án về tội “Tham ô tài sản”, đang còn trong thời gian thử thách, và tội “Lập quỹ trái phép”) để phụ giúp việc với kế toán trưởng. Sau đó, Dũng liên tục phân công Thùy giữ nhiều chức vụ khác nhau từ thủ quỹ đến Phó phòng tổ chức hành chính của trường. Còn Hậu làm nhiệm vụ trông coi điện nước của trường.
Từ năm 2012-2013 Dũng chỉ đạo Thùy lập hồ sơ chứng từ khống để làm thanh toán với Kho bạc Nhà nước TP Cần Thơ lấy tiền dự toán ngân sách nhà nước cấp cho Trường đưa cho Dũng sử dụng cá nhân. Theo sự chỉ đạo của Dũng, Thùy kêu Hậu đi tìm mua hóa đơn để Thùy lập hồ sơ thanh toán. Hậu liên hệ với Lan (chủ cơ sở điện lạnh) và Thống (chủ cửa hàng sắt) đã có thời gian ký hợp đồng mua sắm sửa chữa với trường để mua hóa đơn. Do muốn giữ mối quan hệ nên 2 đơn vị này đã đồng ý bán hóa đơn và hưởng 10% giá trị hóa đơn.
Từ tháng 2/2012-3/2013 Hậu yêu cầu Lan xuất nhiều hóa đơn thanh toán có nội dung mua, bán sửa chữa máy lạnh cho Trường TDTT có giá trị trên 101 triệu đồng, tuy nhiên giá trị thực hiện rất ít so với giá trị hóa đơn. Trong thời gian trên, Hậu cũng yêu cầu Thống xuất hóa đơn, nhưng do không có hóa đơn nên Thống đã đi mua hóa đơn từ các cơ sở khác, các hóa đơn có tổng giá trị trên 50 triệu đồng. Ngoài ra, Hậu còn liên hệ với những cửa hàng khác để mua thiết bị điện với số tiền 11 triệu đồng nhưng yêu cầu xuất hóa đơn 38 triệu đồng.
Sau khi nhận được các hóa đơn, Hậu đưa lại cho Thùy lập 9 hồ sơ chứng từ khống ký, chuyển cho Linh ký kế toán rồi chuyển đến Kho bạc Nhà nước thành phố để thanh toán. Kho bạc Nhà nước thành phố đồng ý thanh toán và chuyển tiền vào tài khoản của Lan, Thống, Thảo. Những người này giữ lại số tiền 10% GTGT, số tiền còn lại đưa cho Hậu có giá trị gần 178 triệu đồng. Hậu mang tiền và cho Thùy và được nhận 6,5 triệu đồng tiền “công”. Thùy chuyển tất cả số tiền lại cho Dũng tiêu xài cá nhân.
Ngoài ra, từ tháng 10-12/2012 Dũng còn lấy tư cách Trường TDTT vay tiền của nhiều cá nhân khác. Trong đó, Dũng vay ông Nguyễn Việt Tân 140 triệu đồng với lãi suất 2%/tháng để tiêu xài cá nhân. Khi Trung tâm huấn luyện TDTT chuyển khoản thanh toán tiền thuê phòng số tiền 99 triệu đồng, lúc này Dũng ký để Thùy rút 95 triệu đồng và dùng số tiền này trả cho ông Tân 50 triệu đồng. Còn 45 triệu còn lại không biết chi vào đâu.
Tổng cộng, việc Dũng cùng Thùy, Hậu lập chứng từ khống đã chiếm đoạt tiền của ngân sách nhà nước là gần 195 triệu đồng và 50 triệu đồng từ nguồn thu sự nghiệp của Trường TDTT. Trong đó, Dũng chiếm dụng gần 245 triệu đồng.
Cũng trong thời gian 10/2010-5/2013, khi thực hiện chức trách là quyền Hiệu trưởng và Hiệu trưởng Trường TDTT, Dũng không quản lý bộ máy tổ chức tài chính của trường, bổ nhiệm các chức vụ không đúng quy trình. Phân công Thùy vừa làm thủ quỹ vừa phụ việc kế toán, vừa làm Phó phòng Tổ chức hành chính của Trường trong khi Thùy có 1 tiền án. Đồng thời, Dũng phân công Linh làm kế toán nhưng Linh chỉ có nhiệm vụ thu tiền, giao tiền thu được cho Thùy quản lý, sử dụng theo sự chỉ đạo của Dũng. Linh chỉ ký tên với chức danh kế toán trưởng trên các chứng từ theo yêu cầu của Thùy.
Hơn nữa, trong lúc Linh nghỉ thai sản, Dũng không phân công bố trí người thay thế mà giao cho Thùy quản lý hệ thống sổ sách, thu, chi… Dũng cũng không kiểm tra việc thu, chi của đơn vị, không chỉ đạo tốt công tác kế toán. Còn đối với Linh là kế toán nhưng không mở các sổ kế toán nên không theo dõi được các khoản truy xuất, không được hoạch toán đầy đủ. Dũng và Linh đã làm trái nguyên tắc tài chính kế toán dẫn đến nguồn thu sự nghiệp bị thất thoát tổng cộng trên 2 tỷ đồng. Riêng Thùy đang điều trị tâm thần bắt buộc nên sẽ điều tra xử lý sau.