Các bị cáo gồm Phạm Hải Bằng (SN 1969), Phạm Quang Duy (SN 1975), đều nguyên là Phó Giám đốc Ban Quản lý các dự án đường sắt (RPMU); Nguyễn Nam Thái (SN 1977), nguyên Trưởng phòng thực hiện dự án 3 thuộc RPMU; Trần Văn Lục (SN 1958) Nguyễn Văn Hiếu (SN 1962), đều nguyên là Giám đốc RPMU và Trần Quốc Đông (51 tuổi), nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam (VNR), nguyên Giám đốc RPMU. Sáu bị cáo cùng bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Theo cáo trạng của VKSNDTC, ngày 31/10/2008 Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt Dự án xây dựng đường sắt đô thị tuyến số 1 (giai đoạn 1), giao nhiệm vụ đại diện chủ đầu tư quản lý cho RPMU. Tổ dự án tuyến số 1 gồm 21 thành viên do Phạm Hải Bằng làm Chủ nhiệm dự án. Phạm Hải Bằng có thẩm quyền là đầu mối quản lý toàn bộ lĩnh vực liên quan đến quá trình chuẩn bị và thực hiện dự án, tổ chức và trực tiếp thực hiện các công việc của dự án.
Đến tháng 9/2009, VNR ký hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật dự án tuyến số 1 với liên danh do Công ty Tư vấn giao thông Nhật Bản (JTC) đứng đầu. Hợp đồng được định giá hơn 2,9 tỷ yên Nhật và 320 tỷ đồng. Trong quá trình thực hiện hợp đồng, Phạm Hải Bằng đặt vấn đề gặp một số khó khăn về chi phí trong triển khai dự án và được JTC đồng ý hỗ trợ một khoản kinh phí.
Sau đó, Phạm Hải Bằng thông báo cho Phạm Quang Duy cùng Nguyễn Nam Thái biết để thực hiện. Từ tháng 9/2009 đến tháng 2/2014, Duy và Thái nhiều lần được Bằng giao đi nhận hỗ trợ từ phía nhà thầu với tổng số tiền 11 tỷ đồng. Số tiền trên được ba người chia nhau quản lý, sử dụng: Phạm Hải Bằng giữ 4,8 tỷ đồng; Nguyễn Nam Thái giữ 3,4 tỷ đồng; Phạm Quang Duy giữ 2,8 tỷ đồng.
Theo lời khai tại cơ quan điều tra, Phạm Hải Bằng đã trích từ nguồn tiền hỗ trợ của JTC để đưa cho Trần Quốc Đông 30 triệu đồng, Trần Văn Lục 100 triệu đồng và Nguyễn Văn Hiếu 50 triệu đồng vào dịp tết. Số tiền còn lại được “chuyển hóa” cho việc tiếp khách, ký hợp đồng, in ấn tài liệu, hội họp, đi lại, làm ngoài giờ... Ngoài ra, còn sử dụng chi hỗ trợ Phòng 3 nghỉ mát, hỗ trợ hoạt động Công đoàn, Đoàn thanh niên, Phụ nữ… để vụ lợi cho tập thể, trong đó có quyền lợi cá nhân.
VKSNDTC nhận định hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn thỏa thuận nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng của Phạm Hải Bằng và các đồng phạm gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, làm ảnh hưởng đến uy tín của Việt Nam, ảnh hưởng đến quan hệ hợp tác giữa Việt Nam và Nhật Bản trong việc vay, sử dụng vốn ODA. Hiện do Nhật Bản xử lý nhà thầu JTC nên đã làm ngưng trệ việc thực hiện dự án. Cáo trạng cũng xác định các bị can Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu và Phạm Quang Duy biết việc nhận tiền từ nhà thầu JTC của Phạm Hải Bằng và Nguyễn Nam Thái nhưng đồng tình để sự việc diễn ra trong thời gian dài.
Quá trình điều tra, các bị can đã tự nguyện nộp tiền để khắc phục hậu quả. Cụ thể, Phạm Hải Bằng nộp 970 triệu đồng và 7 nghìn USD, Phạm Quang Duy nộp 65 triệu đồng, Nguyễn Nam Thái nộp 600 triệu đồng, Trần Văn Lục nộp 100 triệu đồng, Trần Quốc Đông nộp 30 triệu đồng.
