Lý do giải thể, theo các bên liên quan thống nhất là bởi khu thương mại này không còn là khu phi thuế quan như nhiều năm qua.
Khu thương mại Lao Bảo được thành lập và hoạt động từ năm 1988. Đến năm 2005, khu này được bổ sung cơ chế chính sách ưu đãi đặc thù thành Khu kinh tế - Thương mại đặc biệt Lao Bảo.
Theo quy định, quan hệ trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa Khu Kinh tế - Thương mại đặc biệt Lao Bảo với nội địa là quan hệ xuất - nhập khẩu nên Tổng cục Hải quan đã thành lập Chi cục Hải quan khu thương mại Lao Bảo (còn gọi là cổng B; đóng tại thôn Lương Lễ, xã Tân Hợp, huyện Hướng Hóa, tỉnh Quảng Trị) để đảm bảo đủ điều kiện thực hiện việc kiểm tra, giám sát hàng hóa theo luật pháp hiện hành.
Tuy nhiên, bắt đầu từ tháng 9/2016, Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu có hiệu lực thi hành thì Khu kinh tế – Thương mại đặc biệt Lao Bảo không đảm bảo đủ điều kiện là khu phi thuế quan. Theo đó quan hệ trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa Khu kinh tế – Thương mại đặc biệt Lao Bảo với nội địa không còn là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.
Vì vậy, không cần sự tồn tại hoạt động của Chi cục Hải quan khu thương mại Lao Bảo.
