Theo KLTT, việc ứng dụng công nghệ, số hóa dữ liệu, CCDVC, giải quyết TTHC trên môi trường điện tử theo Nghị định, Nghị quyết của Chính phủ, đề án, chỉ đạo của Thủ tướng tại Bộ GD&ĐT thực hiện chậm, chưa đầy đủ, nghiêm túc: Chưa có TTHC nào được triển khai DVC trực tuyến mức độ 3, 4 theo Nghị định 43/2011/NĐ-CP hoặc DVC trực tuyến toàn trình theo Nghị định 42/2022/NĐ-CP.
Việc giải quyết trực tuyến còn chưa thực chất, người dân, DN khai trực tuyến nhưng chủ yếu vẫn tiếp nhận, xử lý hồ sơ bản giấy. Việc kết nối với Cổng DVC Quốc gia chưa đáp ứng được yêu cầu. Đồng thời, cũng chưa kết nối, tích hợp chia sẻ giữa các dữ liệu, phần mềm, hệ thống giải quyết TTHC; chưa kết nối với Cơ sở dữ liệu Quốc gia về dân cư và Hệ thống xác thực, định danh điện tử theo quy định...
Việc tổ chức vận hành bộ phận một cửa (BPMC) và việc thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông tại Bộ GD&ĐT còn bất cập, hạn chế, yếu kém: Người đứng đầu BPMC không công khai đầy đủ danh mục TTHC tại BPMC; không báo cáo, đề xuất lãnh đạo Bộ xử lý với trường hợp giải quyết hồ sơ quá hạn; có TTHC tổ chức tiếp nhận, trả kết quả sai địa điểm; công chức được cử không làm việc và thực hiện nhiệm vụ thường xuyên tại BPMC; bố trí trụ sở, trang thiết bị của BPMC chưa đúng quy định; không thực hiện xin lỗi người dân, DN khi để xảy ra quá hạn giải quyết TTHC...
Theo kết quả thanh tra tại 10 TTHC, TTCP kết luận: Bộ GD&ĐT báo cáo kết quả giải quyết hồ sơ TTHC chưa phản ánh đúng thực trạng, thiếu chính xác.
Trong khi thanh tra 10 TTHC đã có 419 hồ sơ quá hạn, chiếm 2,27% hồ sơ đã giải quyết, trong đó 3 TTHC có tỉ lệ hồ sơ giải quyết quá hạn trên 50%. Việc giải quyết hồ sơ chậm trễ, quá thời hạn giải quyết hồ sơ TTHC theo quy định.
Việc yêu cầu người dân, DN bổ sung, hoàn thiện hồ sơ giấy tờ ngoài danh mục thành phần hồ sơ quy định (34 hồ sơ), gây bức xúc, phiền hà cho người dân, DN phải đi lại, giải trình, bổ sung nhiều lần, tiềm ẩn nguy cơ sách nhiễu; hình thức yêu cầu không đúng quy định (332 hồ sơ); thời gian yêu cầu bổ sung hồ sơ vượt quá thời gian quy định (03 hồ sơ); yêu cầu bổ sung hồ sơ khi đã hết thời hạn nộp hồ sơ dự tuyển (39 hồ sơ)...
Công tác quản lý, giải quyết TTHC “Phê duyệt liên kết tổ chức thi cấp chứng chỉ năng lực ngoại ngữ của nước ngoài” trước thời điểm Thông tư 11/2022/TT-BGDĐT có hiệu lực: Bộ GD&ĐT đã buông lỏng công tác quản lý, để sai phạm trong hoạt động liên kết tổ chức thi cấp chứng chỉ năng lực ngoại ngữ nước ngoài (nhiều đơn vị liên kết tổ chức thi cấp chứng chỉ khi chưa được Bộ cho phép theo Nghị định 86/2018/NĐ-CP) diễn ra kéo dài, nhưng chưa kịp thời có biện pháp để ngăn chặn, chấn chỉnh, xử lý, gây dư luận bức xúc.