Cụ thể, Nghị định 41 quy định phạt tiền từ 1-40 triệu đồng đối với hành vi khai thác, vận chuyển, thu gom, lưu giữ thủy sản nếu khối lượng các loài thủy sản có kích thước nhỏ hơn kích thước cho phép khai thác vượt quá mức cho phép khai thác lẫn hoặc khai thác ngoài tự nhiên giống, loài thủy sản có kích thước nhỏ hơn kích thước cho phép. Nghị định cũ quy định chỉ phạt tiền từ 300 nghìn đồng - 12 triệu đồng.
Đối với hành vi vi phạm các quy định về thời gian cấm khai thác, vùng cấm, nghề cấm khai thác theo quy định của pháp luật cũng bị phạt từ 1-40 triệu đồng.
Đồng thời, Nghị định 41 cũng điều chỉnh tăng mức phạt đối với hành vi sử dụng công cụ kích điện hoặc sử dụng trực tiếp điện từ máy phát điện trên tàu cá hoặc phương tiện nổi khác để khác thác thủy sản lên tới 50 triệu đồng thay vì 30 triệu đồng như Nghị định ban hành trước đây.
Nghị định 41 cũng bổ sung thêm mức phạt đối với hành vi nuôi sinh trưởng, sinh sản và trồng cấy các loài thủy sinh hoang dã có nguồn gốc hợp pháp nhưng không đăng ký trại nuôi. Mức phạt từ 1-7 triệu đồng tùy theo hành vi vi phạm.
Ngoài ra, Nghị định 41 cũng sửa đổi phạt tiền từ 7-100 triệu đồng đối với chủ tàu cá hoặc thuyền trưởng hoặc tổ chức, cá nhân có hành vi môi giới, đưa tàu cá, ngư dân Việt Nam đi khai thác thủy sản trái phép tại vùng biển của quốc gia hoặc lãnh thổ khác.
Mức phạt tiền đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính quy định trên là mức phạt đối với cá nhân. Mức phạt tiền đối với tổ chức vi phạm gấp hai lần mức phạt tiền đối với cá nhân.
