Cụ thể, đội ứng phó nhanh số 1 chịu trách nhiệm chỉ đạo điều hành chung. Đội trưởng, Đội phó thứ nhất của các Đội ứng phó nhanh từ số 2 đến số 8 phân công nhiệm vụ cho các thành viên trong Đội, trong đó chỉ rõ nhiệm vụ của Đội phó thứ nhất và Đội phó thứ 2. Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc các cơ quan thú y địa phương và các thành viên của Đội ứng phó của mình chủ động theo dõi, giám sát tình hình thủy sản trên địa bàn và báo cáo theo quy định hiện hành của pháp luật về thú y.
Trong vòng 24 giờ kể từ khi phát hiện hoặc nhận được thông tin về hiện tượng thủy sản chết nhiều bất thường, trực tiếp hoặc phân công thành viên trong Đội đến nơi có thủy sản chết nhiều bất thường để phối hợp với chính quyền, cơ quan chuyên môn và người dân có liên quan để tiến hành điều tra thu thập thông tin, lấy mẫu xét nghiệm xác định nguyên nhân; thống nhất đề xuất các chỉ tiêu cần xét nghiệm. Trường hợp vượt quá khả năng hoặc cần huy động nhiều cơ quan, ban ngành khác tham gia, báo cáo Đội ứng phó nhanh số 1 để phối hợp xử lý kịp thời.
Trước 16 giờ hàng ngày (kể cả ngày nghỉ), các thành viên tham gia ứng phó phải báo cáo cập nhật tình hình với Đội trưởng, Đội phó của Đội mình và Đội ứng phó nhanh số 1 để kịp thời tổng hợp báo cáo Cục trưởng Cục Thú y và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Khi xác định được nguyên nhân dẫn đến thủy sản chết nhiều bất thường, Đội trưởng các Đội ứng phó nhanh báo cáo kết quả với Đội ứng phó nhanh số 1 và thông báo cho chính quyền, cơ quan quản lý liên quan tại địa phương và người nuôi trồng thủy sản để kịp thời triển khai các biện pháp phòng, chống. Đánh giá tình hình, xác định nguyên nhân, chỉ rõ những khó khăn, tồn tại, bất cập và đề xuất các giải pháp ứng phó kịp thời, hiệu quả; báo cáo Đội ứng phó nhanh số 1 để kịp thời xử lý.