Theo công văn hỏa tốc tối 16/4, Bộ GTVT chỉ đạo từ 00h ngày 17/4 đến hết ngày 22/4, đối với tuyến đường sắt Hà Nội – TP HCM chỉ được khai thác tối đa 2 đôi tàu khách/ngày (2 chuyến Hà Nội đi TP HCM và 2 chuyến ngược lại).
Đôi tàu tăng thêm có lịch trình như sau: Tàu SE5 xuất phát ga Hà Nội từ ngày 17/4, lúc 8h50, đến ga Sài Gòn lúc 18h55; chiều ngược lại, tàu SE6 xuất phát ga Sài Gòn từ ngày 19/4 lúc 8h45, đến ga Hà Nội lúc 19h12. Thời gian hành trình chạy suốt một chiều khoảng 34 giờ.
Một đôi tàu vẫn duy trì từ ngày 1/4 là SE3/4, khởi hành tại ga Hà Nội lúc 19h25, đến ga Sài Gòn lúc 4h38 sau hơn 30 giờ; chiều ngược lại xuất phát ga Sài Gòn lúc 20h30, đến ga Hà Nội lúc 5h53.
Đồng thời, đường sắt cũng tạm dừng đôi tàu hàng nhanh HL1/HL2 trước đây chạy theo hành trình tàu SE5/SE6. Tiếp tục dừng toàn bộ hoạt động của tàu khách địa phương.
Trước đó, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam có văn bản kiến nghị cấp có thẩm quyền cho phép tăng tàu khách trên tuyến Hà Nội – TP HCM từ 16/4 với lộ trình chạy tàu như sau: Từ ngày 16-22/4, cho phép chạy thêm 1 đôi tàu khách trên tuyến đường sắt Hà Nội – TP HCM; từ ngày 23-29/4, cho phép chạy thêm 2 đôi tàu khách trên tuyến Hà Nội – TP HCM, nâng tổng số lên 4 đôi tàu. Từ ngày 30/4 trở đi, cho phép chạy tàu khách như bình thường trên tuyến Hà Nội – TP HCM, nhưng căn cứ vào nhu cầu vận tải và năng lực chạy tàu để bố trí phù hợp.
