BCĐ có nhiệm vụ tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng trong việc tổ chức, chỉ đạo hoạt động phòng, chống khủng bố trong phạm vi cả nước; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức, triển khai, phối hợp liên ngành thực hiện công tác phòng, chống khủng bố.
Bên cạnh đó, kiểm tra, đôn đốc, hướng dẫn BCĐ phòng, chống khủng bố bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện công tác phòng, chống khủng bố; trình Thủ tướng Chính phủ ban hành phương án xử lý các tình huống, cơ chế chỉ đạo, chỉ huy xử lý các tình huống khủng bố.
Đồng thời, tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo giải quyết các vụ khủng bố trong trường hợp phải ban bố tình trạng khẩn cấp về an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội hoặc có nguy cơ đe dọa an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội nhưng chưa đến mức ban bố tình trạng khẩn cấp.
Bộ Công an là cơ quan thường trực của BCĐ và có cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách gọi là Văn phòng thường trực BCĐ phòng, chống khủng bố quốc gia.
