Phó Trưởng ban Ban Chỉ đạo này là Bộ trưởng Bộ Công an.
Bộ Công an là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia và có cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách gọi là Văn phòng thường trực Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia.
Các thành viên Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia gồm: Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Bộ trưởng các Bộ: Ngoại giao, Giao thông vận tải, Thông tin và Truyền thông, Y tế, Tài chính; Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; Thứ trưởng Bộ Công an phụ trách công tác an ninh (Thành viên thường trực); Tổng tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng.
Trong trường hợp cần thiết, Chính phủ quyết định bổ sung thành viên là Bộ trưởng hoặc cán bộ cấp cao khác tham gia Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia trên cơ sở đề nghị của Trưởng Ban Chỉ đạo.
Thành phần Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố của Bộ, ngành do một đồng chí cấp Thứ trưởng là Trưởng ban, các thành viên khác do Bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang Bộ quyết định.
Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương do Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương làm Trưởng ban.
Nghị định cũng quy định nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố các cấp. Cụ thể, Ban chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia có nhiệm vụ kiểm tra, đôn đốc, hướng dẫn Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ, ngành, tỉnh thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện công tác phòng, chống khủng bố. Bên cạnh đó, tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo giải quyết các vụ khủng bố trong trường hợp phải ban bố tình trạng khẩn cấp về an ninh quốc gia, trật tự, an toàn, xã hội hoặc có nguy cơ đe dọa an ninh quốc gia, trật tự, an toàn xã hội nhưng chưa đến mức ban bố tình trạng khẩn cấp.
Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an có nhiệm vụ tham mưu cho Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia về chiến lược, chương trình, kế hoạch, phương án, biện pháp, giải pháp phòng, chống khủng bố; xử lý khủng bố, khắc phục, hạn chế hậu quả do khủng bố gây ra.
Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Bộ quốc phòng phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tham mưu chỉ đạo xử lý các vụ khủng bố; thực hiện phương án phòng, chống khủng bố, diễn tập phương án phòng, chống khủng bố đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ, ngành có nhiệm vụ phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tham mưu, giúp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố.
Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có nhiệm vụ tham mưu cho UBND, Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xử lý các vụ khủng bố xảy ra tại địa phương, trừ các vụ khủng bố thuộc trách nhiệm tham mưu chỉ đạo xử lý của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Bộ Quốc phòng.
