Chỉ thị nêu rõ, mục tiêu của Vùng KTTĐ phía Nam là phát triển kinh tế bền vững đi đôi với bảo đảm công bằng, ổn định chính trị xã hội, hài hòa giữa các mục tiêu về phát triển kinh tế, phát triển xã hội và cải thiện môi trường sinh thái với việc bảo vệ và phát triển rừng; phát triển công nghiệp gắn với bảo vệ môi trường đô thị, nguồn nước và không khí…;
Bên cạnh đó tiếp tục đổi mới sáng tạo, ứng dụng mạnh mẽ công nghệ cao, tận dụng tốt cơ hội của cuộc Cách mạng công nghiệp 4.0 của các Hiệp định Thương mại tự do và Bảo hộ khuyến khích đầu tư như CPTPP, EVFTA, EVIPA,…; đổi mới tư duy, phát huy tinh thần tự lực, tự cường và xác định các yếu tố bứt phá để phấn đấu vươn lên, phát triển nhanh, bền vững, đóng góp một cách thiết thực vào việc hiện thực hóa chiến lược phát triển của Vùng và cả nước.
Vùng KTTĐ phía Nam là Vùng kinh tế động lực đầu tàu, trung tâm kinh tế, thương mại, văn hóa, đào tạo, y tế, nghiên cứu khoa học chất lượng cao của cả nước và khu vực, là trung tâm giáo dục và đào tạo nguồn nhân lực, đặc biệt là nguồn nhân lực chất lượng cao; đồng thời là trung tâm chuyển giao và ứng dụng khoa học công nghệ hàng đầu của cả nước; thực hiện vai trò cầu nối với các khu vực Đồng bằng sông Cửu Long và khu vực Tây Nguyên mà hạt nhân là thành phố Hồ Chí Minh; phấn đấu đến năm 2025 có 7/8 tỉnh, thành phố trong Vùng KTTĐ phía Nam có điều tiết về ngân sách trung ương.
Để đạt được những mục tiêu trên, Chỉ thị nêu ra 3 nhóm giải pháp về: Cơ chế, chính sách; liên kết các ngành, lĩnh vực và nguồn lực.