Ngày 15/1/2015 Cơ quan CSĐT (Công an TP.Thanh Hóa) ra quyết định trưng cầu giám định số 125/CSĐT trưng cầu Cục thuế tỉnh Thanh Hóa giám định với số tiền trốn thuế trên. Đến ngày 16/1/2015, Cục thuế tỉnh Thanh Hóa kết luận giám định với doanh thu bỏ ngoài sổ sách hơn 17,5 tỷ đồng là thu nhập chịu thuế, do đó số tiền trốn thuế của Trường TC Y dược Văn Hiến là 1.786.893.824đ.
Theo luật doanh nghiệp bù trừ với số lỗ năm 2012 số tiền trên 215,6 triệu đồng, còn lại thu nhập chưa kê khai nộp thế là hơn 17,3 tỷ đồng, do vậy số trốn thuế còn lại là 1.735.427.538đ.
Trong quá trình điều tra, bị cáo Nguyễn Đức Tâm đã thừa nhận tổng doanh thu từ hoạt động đào tạo và số tiền chưa kê khai nộp thuế là đúng như trên. Ngoài ra, các ông Vũ Ngọc Kha, Đàm Lê Đồng, Nguyễn Đức Tĩnh, bà Nguyễn Thị Hà mặc dù là các thành viên HĐQT trường TC Văn Hiến nhưng không được tham gia điều hành hoạt động tài chính của trường, không được thông báo kết quả động động kinh doanh hàng năm nên việc Nguyễn Đức Tâm bỏ doanh thu ngoài sổ sách không kê khai để trốn thuế các thành viên HĐQT đều không được biết.
Ngày 22/10, TAND TP Thanh Hóa đã xét xử phiên sơ thẩm vụ án này và tuyên phạt bị cáo Nguyễn Đức Tâm 3 năm 6 tháng tù giam về hành vi trốn thuế; truy thu 1,7 tỷ đồng và phạt 1,7 tỷ đồng xung ngân sách nhà nước.
Trước đó ngày 18/9/2015, Nguyễn Đức Tâm cũng đã bị TAND tỉnh Thanh Hóa tuyên phạt 9 tháng tù giam về tội “làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức”.