Theo cáo trạng, từ năm 2015, Nguyễn Quang Tuấn (Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng mua sắm Bệnh viện Tim Hà Nội) đã có chủ trương cho một số doanh nghiệp được ký gửi vật tư tại Bệnh viện Tim Hà Nội, để bệnh viện sử dụng trước, sau đó chỉ đạo cấp dưới hợp thức, hoàn thiện các thủ tục cho các doanh nghiệp trúng thầu để thanh toán.
Do quen biết từ trước, Nguyễn Đức Đảng (Chủ tịch HĐQT Cty CP thiết bị y tế Hoàng Nga (Cty Hoàng Nga), Phan Tuấn Đạt (Chủ tịch HĐQT Cty CP công nghệ sinh học Kim Hòa Phát (Cty Kim Hòa Phát) đến đặt vấn đề và được Nguyễn Quang Tuấn đồng ý cho bán các mặt hàng vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch vào Bệnh viện với đơn giá theo thỏa.
Từ năm 2016-2017, Bệnh viện Tim Hà Nội tổ chức đấu thầu riêng 5 gói thầu chuyên mua sắm vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch, tổng trị giá hơn 595 tỷ đồng. Trong đó, gói thầu số 5 năm 2016 được tổ chức theo hình thức đấu thầu rộng rãi. 4 gói thầu năm 2017 được áp dụng theo hình thức chỉ định thầu rút gọn mua 538 mặt hàng, trị giá gần 348 tỷ đồng. Cty Hoàng Nga đã tham gia và trúng 5 gói thầu, Cty Kim Hòa Phát đã trúng 4 gói thầu.
Để hợp thức hồ sơ thầu mua vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch của Cty Hoàng Nga, Cty Kim Hòa Phát, Nguyễn Quang Tuấn, Hoàng Thị Ngọc Hưởng (Phó Giám đốc Bệnh viện), Nguyễn Thị Dung Hạnh (Kế toán trưởng Bệnh viện), Nghiêm Tuấn Linh (Phó trưởng Phòng Vật tư, thiết bị y tế) và Đoàn Trọng Bình (Phó trưởng phòng phụ trách Phòng Vật tư, thiết bị y tế) đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Những người này đã thông đồng với Nguyễn Đức Đảng (Chủ tịch HĐQT Cty Hoàng Nga), Phạm Huy Lập (Giám đốc Cty Hoàng Nga), Phạm Thị Kim Oanh (Kế toán trưởng Cty Hoàng Nga), Phan Tuấn Đạt (Chủ tịch HĐQT Cty Kim Hòa Phát) để thực hiện nhiều sai phạm từ khâu lập hồ sơ thầu, đơn giá, chủng loại, số lượng Stent và các vật tư khác mà Cty Hoàng Nga, Cty Kim Hòa Phát sẽ bán cho Bệnh viện Tim Hà Nội.
Sau đó, các bị can tại Bệnh viện Tim Hà Nội thông đồng với các bị can tại Cty CP đầu tư và định giá AIC Việt Nam (Cty AIC) ban hành Chứng thư thẩm định giá số 062512 đề ngày 25/12/2015 theo yêu cầu và giá ấn định của Bệnh viện Tim Hà Nội tại kế hoạch mua sắm năm 2016 đã được Nguyễn Quang Tuấn phê duyệt, đảm bảo cho Cty Hoàng Nga, Cty Kim Hòa Phát trúng thầu, bán vật tư y tế trái quy định của Luật đấu thầu. Điều này gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ bảo hiểm xã hội số tiền hơn 22,8 tỷ đồng đối với Gói thầu số 5 năm 2016.
Đến năm 2017, Nguyễn Quang Tuấn và đồng phạm tiếp tục hợp thức thủ tục chỉ định thầu đối với 4 gói chỉ định thầu rút gọn, sử dụng đơn giá vật tư của gói thầu năm 2016 để thanh toán hàng ký gửi, hàng đã sử dụng trước cho Cty Hoàng Nga, Cty Kim Hòa Phát và một số công ty gửi hàng trước; gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ bảo hiểm xã hội số tiền hơn 30 tỷ đồng.