Nghị định 96/2020/NĐ-CP áp dụng đối với tổ chức, cá nhân Việt Nam, tổ chức, cá nhân nước ngoài thực hiện hành vi vi phạm hành chính (VPHC) trong lãnh thổ Việt Nam. Theo đó, đối với mỗi hành vi VPHC trong lĩnh vực quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia, tổ chức, cá nhân VPHC chỉ bị áp dụng một hình thức xử phạt là cảnh cáo hoặc phạt tiền.
Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân có hành vi VPHC còn có thể bị áp dụng một hoặc nhiều hình thức xử phạt bổ sung như: Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để VPHC; tước quyền sử dụng giấy phép khai thác, thăm dò tài nguyên, khoáng sản, hải sản, môi trường và giấy phép xây dựng, vận tải, kinh doanh từ 6 tháng đến 12 tháng; tước quyền sử dụng giấy phép lái xe, giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, giấy phép kinh doanh lữ hành quốc tế và giấy phép hoạt động dịch vụ, thương mại tại cửa khẩu biên giới đất liền từ 3 tháng đến 6 tháng; trục xuất.
Đối với mỗi hành vi VPHC, ngoài việc bị áp dụng hình thức xử phạt, tổ chức, cá nhân VPHC có thể bị áp dụng một hoặc nhiều biện pháp khắc phục hậu quả như: buộc khôi phục lại tình trạng ban đầu; buộc tháo dỡ công trình, phần công trình xây dựng không có giấy phép hoặc xây dựng không đúng với giấy phép; buộc thực hiện biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường, lây lan dịch bệnh.
Buộc tiêu hủy hàng hóa, vật phẩm gây hại cho sức khỏe con người, vật nuôi, cây trồng và môi trường, văn hóa phẩm có nội dung độc hại; buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện VPHC hoặc buộc nộp lại số tiền bằng trị giá tang vật, phương tiện VPHC đã bị tiêu thụ, tẩu tán, tiêu hủy trái quy định của pháp luật; buộc rời khỏi khu vực biên giới, khu vực cửa khẩu.
Ngoài ra, buộc tiêu hủy giấy tờ tùy thân, giấy tờ có giá trị xuất, nhập cảnh biên giới hết giá trị sử dụng; buộc thực hiện việc vận chuyển hàng hóa quá cảnh, chuyển cảng, chuyển khẩu, chuyển cửa khẩu, kinh doanh tạm nhập - tái xuất đúng cửa khẩu, tuyến đường quy định; buộc chịu trách nhiệm chi phí để thực hiện khôi phục tình trạng ban đầu đối với mốc quốc giới, cọc dấu, điểm cơ sở, bia chủ quyền, dấu hiệu đường biên giới, vật đánh dấu đường biên giới, công trình phòng thủ vùng biển, công trình biên giới, biển báo trong khu vực biên giới, khu vực cửa khẩu biên giới đất liền, cửa khẩu cảng.
Buộc lấy ý kiến của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, UBND cấp tỉnh và các cơ quan liên quan; buộc nộp lại giấy phép đi bờ, giấy phép xuống tàu; tạm dừng thực hiện thủ tục xuất cảnh đối với phương tiện Việt Nam, tạm dừng thực hiện thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh đối với phương tiện nước ngoài.
Việc áp dụng hình thức xử phạt trục xuất đối với người nước ngoài có thể là hình thức xử phạt chính hoặc hình thức xử phạt bổ sung.
Về mức phạt tiền và thẩm quyền phạt tiền trong lĩnh vực quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia, Nghị định 96/2020/NĐ-CP quy định: Mức phạt tiền tối đa đối với hành vi VPHC của cá nhân trong lĩnh vực quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia là 50.000.000 đồng; trường hợp tổ chức có cùng hành vi vi phạm như của cá nhân thì mức phạt tiền bằng hai lần mức phạt tiền đối với cá nhân.
Thẩm quyền xử phạt VPHC quy định tại Nghị định gồm: Chủ tịch UBND cấp tỉnh, huyện, xã; Bộ đội Biên phòng; Công an; Cảnh sát biển; Quản lý thị trường; Hải quan; Cảng vụ hàng hải; Cảng vụ đường thủy nội địa; Kiểm ngư… Nghị định mới cũng quy định, trong trường hợp phạt tiền, thẩm quyền xử phạt đối với tổ chức bằng hai lần thẩm quyền xử phạt đối với cá nhân.
Nghị định 96/2020/NĐ-CP ban hành ngày 24/8/2020, có hiệu lực thi hành từ ngày 10/10/2020, thay thế Nghị định số 169/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ quy định xử phạt VPHC trong lĩnh vực quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia.