Năm 1993, ông Trình làm đơn xin sử dụng thêm một thửa khác tại đảo Hòn Một, có tổng DT 168.520m2 (gồm cả mặt nước) để trồng rừng và nuôi trồng thủy sản. Bản đồ khu đất đồi và mặt nước của gia đình ông đã được Phòng Nông nghiệp TP Nha Trang xác nhận năm 1993. Sau đó, tại các sơ đồ, tờ khai sở hữu thửa đất và mặt nước của hộ ông Trình vào các năm 1994, 1995, 1996 và 1997 đều có xác nhận của ông Nguyễn Sĩ Huynh, Chủ tịch UBND phường Vĩnh Nguyên.
Năm 2006, ông Trình sang nhượng lại nhà ở, đất vườn và hơn 10ha đồi trồng cây ăn quả cho ông Nguyễn Công Viên (trú tại 58 Hà Ra, phường Vĩnh Phước, TP Nha Trang) để chuyển vào đất liền sinh sống. Riêng DT 168.520m2 đất đồi, mặt nước thì ông Trình không chuyển nhượng mà tiếp tục quản lý, sử dụng ổn định.
Đến năm 2013, UBND TP Nha Trang thu hồi toàn bộ đất đảo Hòn Một để triển khai Dự án Khu du lịch Hòn Một. Tổng diện tích đất thu hồi là 487.073m2 (của 75 hộ gia đình, cá nhân, hai tổ chức và một cộng đồng dân cư), trong đó gồm cả 168.520m2 đất và mặt nước của hộ ông Trình. Tuy nhiên, khi tiến hành đo đạc giải thửa thì hộ ông Trình chỉ được đền bù thửa đất số 134 (DT 3.813,9m2). Hơn 164.000m2 đất và mặt nước còn lại, cơ quan chức năng không đền bù cho hộ ông Trình mà lập hồ sơ, làm thủ tục đền bù cho các hộ cá nhân và tổ chức khác.
Theo hồ sơ do UBND phường Vĩnh Nguyên và Trung tâm phát triển quỹ đất TP Nha Trang cung cấp thì những hộ được đền bù trong diện tích đất đang bị ông Trình khiếu nại nêu trên gồm: Hộ ông Nguyễn Công Viên (nhận đền bù thửa đất số 126, DT 5.551,2m2 và thửa đất số 94, DT 101.250m2); hộ ông Nguyễn Văn Út (thửa 96, DT 2.497,7m2 và thửa 97, DT 1.699,9m2); hộ ông Nguyễn Sảnh (thửa 85, DT 9.758m2); hộ ông Nguyễn Xê, thửa 118, DT 5.702m2; UBND phường Vĩnh Nguyên nhận quản lý thửa 128, DT 11.700,8m2 và thửa 132, DT 5.950,9m2.
Trong khi đó, theo xác nhận của ông Nguyễn Sĩ Huynh, nguyên Chủ tịch UBND phường Vĩnh Nguyên thì “Hộ thương binh Nguyễn Trình quản lý 168.520m2 đất và mặt nước ở đảo Hòn Một là đúng. Khi thu hồi, triển khai Dự án Khu du lịch Hòn Một, hộ ông Trình chỉ được đền bù diện tích 3.813,9m2 là quá thiệt thòi, cần xem xét lại” và “thời gian tôi làm Chủ tịch UBND phường Vĩnh Nguyên, hộ ông Nguyễn Văn Út nhiều lần lấn chiếm đất của hộ ông Nguyễn Trình. Năm 1997, lực lượng chức năng của TP Nha Trang đã tiến hành cưỡng chế, nhưng sau đó hộ ông Út vẫn tái lấn chiếm. Và từ trước đến nay, UBND phường Vĩnh Nguyên không hề đứng tên chủ quản lý sử dụng thửa đất công nào tại đảo Hòn Một!”.
Như vậy, đang có dấu hiệu cho thấy đất của hộ ông Trình lại được lập hồ sơ và đền bù cho những người khác, gây thiệt hại cho quyền lợi của ông này. Đề nghị UBND TP Nha Trang và các cơ quan chức năng rà soát hồ sơ địa chính và quá trình sử dụng đất của các hộ để xem xét, giải quyết vụ việc để đảm bảo công tác bồi thường đúng quy định cũng như bảo đảm quyền lợi cho gia đình thương binh Nguyễn Trình.