Kết quả kiểm toán cho thấy, công tác lập, thẩm định phê duyệt dự án đầu tư, thiết kế bản vẽ thi công, dự toán (với các công trình được phê duyệt từ 1/1/2021 - 30/6/2022) trong chương trình có một số vi phạm.
Cụ thể, về công tác lập, thẩm định phê duyệt dự án đầu tư ở tỉnh Thái Nguyên; Báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) chưa được Bộ TN&MT thẩm định, phê duyệt khi lập Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi là chưa phù hợp điểm a khoản 2 Điều 23 Luật Bảo vệ môi trường 2014. Trách nhiệm trên thuộc về Ban Quản lý dự án (BQLDA) và UBND TP Thái Nguyên.
Cũng ở Thái Nguyên, công tác khảo sát, lập thiết kế bản vẽ thi công, dự toán, gói thầu tư vấn khảo sát, lập báo cáo nghiên cứu khả thi, thiết kế bản vẽ thi công hạng mục công trình xây dựng nút giao khác cốt khi lập đề cương nhiệm vụ khảo sát; cũng chưa sát với thực tế (nút giao có liên quan đến hệ thống đường sắt), nên phải ký bổ sung hợp đồng tư vấn nhiệm vụ công việc khảo sát địa hình và khảo sát thông tin tín hiệu đường sắt và giảm trừ một số công việc khác với nhà thầu tư vấn.
Công tác khảo sát thiết kế công trình đường Việt Bắc giai đoạn II ở địa phương này cũng chưa phù hợp thực tế, dẫn đến quá trình thực hiện phát sinh; phải điều chỉnh, bổ sung thiết kế làm tăng dự toán, tăng giá trị hợp đồng ban đầu.
Trong khi đó, chương trình khi thực hiện ở Tuyên Quang, công tác khảo sát, kiểm đếm phục vụ công tác di dời giải phóng mặt bằng (GPMB) chưa chính xác dẫn đến việc lập thiết kế, dự toán phương án di dời GPMB không chính xác. Gói thầu số 1 (Thi công xây dựng công trình gồm 2 hạng mục đường) còn hạn chế, dẫn đến quá trình thực phải điều chỉnh, bổ sung nhiều hạng mục; Dự toán công trình cải tạo nâng cấp đường Nguyễn Chí Thanh tính sai khối lượng một số hạng mục với giá trị giảm 252 triệu đồng; Công trình cải tạo, chỉnh trang sửa chữa một số tuyến đường kết nối với Hồ Trung Việt tính sai khối lượng một số hạng mục với giá trị giảm 2.973 triệu đồng.
Dự toán công trình đường Việt Bắc giai đoạn II (Thái Nguyên) lập chưa phù hợp thiết kế bản vẽ thi công, dẫn đến làm tăng dự toán gói thầu, tăng giá trị hợp đồng. Một số gói thầu xây lắp ở Yên Bái áp dụng sai đơn giá xi măng PCB30, PCB40 so với giá tại công bố giá vật liệu xây dựng của Sở Xây dựng làm tăng dự toán 51 triệu đồng. Trách nhiệm trên thuộc về đơn vị tư vấn thiết kế, Hội đồng bồi thường GPMB TP Tuyên Quang, BQLDA và UBND TP Thái Nguyên, Tuyên Quang, Yên Bái.
Chương trình đô thị miền núi phía Bắc được Thủ tướng phê duyệt tại Quyết định 189/QĐ-TTg ngày 25/01/2014, mục tiêu cải thiện cơ sở hạ tầng đô thị, điều kiện vệ sinh môi trường và nâng cao mức sống cho người dân nhằm phát triển kinh tế - xã hội bền vững tại các TP, thị xã thuộc 7 tỉnh miền núi phía Bắc. Chương trình đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng đô thị tại các TP, thị xã thuộc 7 tỉnh bao gồm xây mới, nâng cấp cải tạo một số tuyến đường, cầu, hồ điều hòa, hệ thống thoát nước, trường mầm non; xây dựng và thực hiện chính sách quốc gia về phát triển đô thị, hỗ trợ kỹ thuật cho đơn vị quản lý vận hành hệ thống hạ tầng kỹ thuật tại các địa phương… Tổng mức đầu tư của chương trình 301,856 triệu USD, thời gian thực hiện chương trình 6 năm.
Qua kiểm toán còn cho thấy công tác lựa chọn nhà thầu, thương thảo, ký kết và thực hiện hợp đồng cũng có nhiều vấn đề. Tại tỉnh Bắc Kạn, chủ đầu tư khi lập hồ sơ mời thầu không quy định rõ nguyên tắc, phương pháp đo bóc khối lượng khi nghiệm thu, thanh quyết toán hợp đồng là thực hiện chưa đúng mục 6 phụ lục VI Thông tư 13/2021/TT-BXD.
Ở TP Điện Biên Phủ, gói thầu thí nghiệm, kiểm định chất lượng phục vụ kiểm tra công tác nghiệm thu trước khi bàn giao đưa vào sử dụng: BQLDA căn cứ vào dự toán lập được Sở Xây dựng thẩm định, UBND TP phê duyệt để ký Hợp đồng 62/2017/HĐTV-KĐ ngày 29/12/2017 với Trung tâm kiểm định chất lượng xây dựng tỉnh Điện Biên khi chưa tiến hành lựa chọn nhà thầu là chưa tuân thủ mục c khoản 2 Điều 138 Luật Xây dựng.
Từ kết quả kiểm toán, ngoài kiến nghị chấn chỉnh công tác quản lý, chỉ đạo chương trình, công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công; kiến nghị xem xét xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân liên quan; KTNN còn kiến nghị xử lý tài chính gần 34,4 tỷ đồng, tăng thu ngân sách hơn 1,1 tỷ đồng, thu hồi nộp thu ngân sách Nhà nước hơn 12,8 tỷ đồng; gồm các khoản chi sai chế độ, thu hồi kinh phí thừa. Hoàn trả vốn cho chương trình hơn 5,6 tỷ đồng; giảm trừ giá trị hợp đồng khi thanh toán khối lượng nghiệm thu cho kỳ sau hơn 9,7 tỷ đồng; kiến nghị xử lý khác hơn 35,5 tỷ đồng.