Bên cạnh những ưu điểm, TTCP đã nêu rõ nhiều vi phạm phát hiện qua thanh tra. Cụ thể, công tác kiểm tra, đôn đốc thực hiện các kết luận, kiến nghị và quyết định xử lý sau thanh tra chưa quyết liệt, dứt điểm dẫn đến tỷ lệ thu hồi kinh tế qua công tác thanh tra còn thấp; công tác tiếp dân ở một số đơn vị cấp xã, cấp huyện chưa được chú trọng, còn trường hợp người đứng đầu UBND cấp huyện chưa tham gia đầy đủ tiếp dân định kỳ theo quy định của Luật Tiếp công dân.
Công tác phối hợp trong đấu tranh PCTN của các cấp, các ngành chưa đồng bộ, chặt chẽ. Tình trạng lấn chiếm xây dựng nhà trái phép trên đất nông nghiệp, đất của các công ty nông - lâm nghiệp còn diễn ra trên diện rộng và ngày càng phức tạp, thời gian dài nhưng không được các cơ quan quản lý nhà nước, các cấp chính quyền địa phương và doanh nghiệp xử lý dứt điểm theo quy định của pháp luật, dẫn đến hệ lụy sau này khó giải quyết, tiềm ẩn phát sinh các điểm nóng về sự kiện đông người…
Từ những nội dung kết luận, nhận xét, đánh giá, Tổng TTCP kiến nghị Thủ tướng chính phủ yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh Đắk Lắk căn cứ kết quả thanh tra, tiến hành kiểm điểm nghiêm túc trách nhiệm của UBND tỉnh và các cá nhân về những thiếu sót, tồn tại, vi phạm liên quan đến trách nhiệm quản lý, điều hành.
Yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh căn cứ kết luận thanh tra tiến hành chỉ đạo thủ trưởng các sở, ngành, đơn vị, Chủ tịch UBND các huyện, thị xã, thành phố tiến hành kiểm điểm nghiêm túc, có hình thức xử lý kỷ luật các tổ chức, cá nhân để xảy ra thiếu sót, tồn tại, vi phạm; đồng thời chỉ đạo các cơ quan chức năng xử lý về kinh tế với tổng số tiền hơn 535,7 tỷ đồng cũng như tập trung giải quyết, chấn chỉnh, khắc phục các vi phạm, khuyết điểm, tồn tại đã được nêu trong Kết luận thanh tra.
TTCP kiến nghị UBND tỉnh giao Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài nguyên và Môi trường phối hợp UBND các huyện, thị xã, thành phố tiến hành kiểm tra, rà soát lại 128 dự án có vi phạm để có hình thức xử lý theo quy định của pháp luật. Đối với các dự án đã được gia hạn 24 tháng nhưng vẫn không hoàn thành; dự án chấp thuận đầu tư không quy định tiến độ nhưng thời gian thực hiện kéo dài hoặc không hiệu quả; dự án chủ đầu tư không có khả năng triển khai, dự án “treo”, dự án để đất hoang hóa nhiều năm thì kiên quyết thu hồi theo quy định của pháp luật…
Trong đó, có 94 dự án chậm tiến độ, kéo dài nhiều năm, chưa hoàn thành thủ tục đầu tư hoặc chưa tiến hành đầu tư, vi phạm quy định của pháp luật (có 70 dự án triển khai chậm, đã vượt quá thời gian được điều chỉnh tiến độ theo tiến độ đầu tư tại văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư; 24 dự án tại văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư không ghi thời hạn đầu tư nhưng thực tiễn kéo dài qua nhiều năm, đến nay vẫn chưa hoàn thành dự án); có 34 dự án chậm tiến độ đưa đất vào sử dụng, vi phạm Luật Đất đai, trong đó có 11 dự án đầu tư chậm đưa đất vào sử dụng 12 tháng liên tục trở lên, 23 dự án chậm tiến độ đưa đất vào sử dụng đất 24 tháng trở lên và 10 dự án đã hết thời gian gia hạn tiến độ sử dụng đất nhưng chưa hoàn thành.
TTCP cũng cho biết, Phó Thủ tướng Lê Minh Khái đã yêu cầu UBND tỉnh Đắk Lắk nghiêm túc thực hiện các nội dung kết luận, kiến nghị nêu tại Kết luận thanh tra số 1858/KL-TTCP; giao TTCP theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện xử lý sau thanh tra theo quy định, báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả.