Tổ xác minh trên do ông Nguyễn Văn Huyện (Chánh Thanh tra Bộ làm Tổ trưởng). Tổ xác minh còn có 2 tổ phó là ông Vũ Ngọc Dũng (Phó Chánh Thanh tra) và bà Nguyễn Thanh Hằng (Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch đầu tư).
5 thành viên khác gồm 4 lãnh đạo các đơn vị thuộc Bộ và 1 Thanh tra viên của Thanh tra Bộ cũng là thành viên của Tổ xác minh.
Tổ xác minh sẽ kiểm tra xác minh làm rõ đúng, sai về các nội dung thông tin ngày 20/3/2014 từ Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản JICA và Đại sứ quán Nhật Bản tại Việt Nam thông báo cho Bộ GTVT, xử lý hoặc kiến nghị xử lý đối với cá nhân, tổ chức vi phạm (nếu có) theo quy định pháp luật.
Bên cạnh đó, Tổ xác minh sẽ lập 1 số điện thoại đường dây nóng để tiếp nhận các thông tin về vụ việc được điều tra. Người phụ trách đường dây nóng là ông Trần Văn Trung (Thanh tra Bộ GTVT). Số điện thoại đường dây nóng là: 0986093979.
Trước đó, sau khi có thông tin về việc công ty JTC (Nhật Bản) tiết lộ đã phải chi bất hợp pháp 100 triệu Yên cho các cán bộ và một số đối tượng khác ở nước thứ ba (gồm Indonesia, Uzebekistan và Việt Nam) từ năm 2008 – 2012 để được tham gia thực hiện các dự án ODA, Bộ GTVT cho biết Thanh tra Bộ sẽ thành lập các đoàn thanh tra, thanh tra tất cả các dự án mà JTC đã và đang tham gia, trước mắt là các dự án thuộc lĩnh vực đường sắt.