Đầu năm 2013, vụ án này đã được đưa ra xét xử, cựu thiếu tá Ngô Văn Quảng bị tuyên án chung thân, các đồng phạm còn lại nhận án từ 24 tháng đến 9 năm tù với cùng hành vi. Do có kháng cáo, trong phiên phúc thẩm do TAND Tối cao xem xét, bản án sơ thẩm đã bị hủy, điều tra lại từ đầu. Quá trình điều tra, bản chất vụ án không thay đổi, Quảng cùng đồng phạm tiếp tục hầu tòa với tội danh Lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Với 8 luật sư tham gia phiên tòa, vụ án dự kiến diễn ra trong 3 ngày.
Theo cáo trạng, năm 1999, UBND TP Hà Nội có quyết định thu hồi hơn 3.000 m2 đất tại phường Ô Chợ Dừa, Đống Đa, Hà Nội (nơi HTX Minh Khai và một số hộ dân đang có nhà tại đây) giao cho Báo Thanh Niên để xây dựng Trung tâm kỹ thuật truyền dữ liệu và nhà ở cho cán bộ công nhân viên của báo.
Trong thời gian này, diện tích đất nói trên phần lớn là đất ao hồ, chỉ có khoảng 9 hộ dân cư trú. Tuy nhiên, sau đó đã có nhiều hộ dân tự ý lấp ao hồ lấn chiếm đất và dựng lên hàng chục căn nhà khác.
Quá trình giải phóng mặt bằng (GPMB) diễn ra phức tạp và khó khăn vì sự chống đối quyết liệt của các hộ dân có nhà trên khu đất. Hội đồng GPMB quận Đống Đa đã không thể tiến hành hoạt động được nên Báo Thanh Niên đã xin chủ trương được tự thỏa thuận với các hộ dân.
Trong số các hộ dân sống tại khu đất nêu trên có Quảng (khi đó là cán bộ Công an quận Ba Đình, Hà Nội) đang sống cùng gia đình mẹ vợ. Sau nhiều lần họp với các hộ dân, cũng như tiếp xúc với Quảng, Quảng hứa sẽ tư vấn, hỗ trợ Báo Thanh Niên trong việc GPMB khu đất.
Trước khi ký hợp đồng tư vấn với Báo Thanh Niên, Quảng đã hợp đồng với Cty địa chính Hà Nội. Quảng tự cung cấp tên chủ sử dụng đất cho cán bộ địa chính và là người hướng dẫn cán bộ địa chính đo vẽ hồ sơ từng thửa đất. Quảng tự đưa tên những người không có đất, không có nhà, không chứng minh được họ là ai, ở đâu đứng chủ sở hữu đất.
Tiếp đến, Quảng tạo lập 30 bộ hồ sơ kỹ thuật rồi yêu cầu chủ đầu tư phải tạm ứng tiền để chi trả cho các hộ hơn 16,6 tỷ đồng và hẹn đến 18/10/2008 sẽ bàn giao mặt bằng. Tuy nhiên, sau khi nhận tiền từ Báo Thanh Niên, Quảng tiếp tục có hành vi gian dối trong việc quyết toán với các hộ dân được nhận tiền đền bù.
Cựu thiếu tá này đã tìm cách hợp thức hóa thủ tục quyết toán, nhưng sau đó không giao tiền cho người dân và cũng không trả lại tiền cho Báo Thanh Niên.
Cơ quan điều tra xác định, đồng phạm với Quảng trong việc tạo dựng các hồ sơ đền bù đất liên quan còn có Lê Thu Hà, Nguyễn Hồng Hạnh, Nguyễn Thị Minh, Đặng Thành Công, Nguyễn Ngọc Mỹ, Trần Thị Dung Diễm, Nguyễn Văn Thắng.