Công tố viên trình bày bị cáo Thăng kháng cáo kêu oan nhưng tại một số bút lục cho thấy ông Thăng khi làm Chủ tịch PVN (năm 2008-2011) có quyền quyết định với những dự án lớn của PVN. Với dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2, HĐTV của PVN được Chính phủ ủy quyền cho quyết định chủ đầu tư, ông Thăng đã lựa chọn PVC là tổng thầu khi chưa đủ điều kiện, không đáp ứng được quy định về chỉ định thầu. Do vậy ông Thăng chịu trách nhiệm toàn bộ. Nhất là việc lựa chọn tổng thầu PVC sai quy định. PVC không có năng lực tài chính và không có kinh nghiệm - theo đại diện VKS, bị cáo Thăng biết PVC không đủ năng lực.
Công tố viên dẫn chứng từ lời khai của nguyên trưởng ban quản lý dự án nhiệt điện Thái Bình 2 cho thấy PVN xác định PVC là tổng thầu là trái luật vì không đủ năng lực thực hiện dự án, không có kinh nghiệm, chưa từng thực hiện chức năng tổng thầu.
Về hợp đồng số 33, đại diện VKS nói tại một cuộc họp liên quan tới dự án, bị cáo Thăng kết luận BQLDA cần đôn đốc hoàn thành thiện thiết kế, gửi hồ sơ yêu cầu trình tập đoàn. Từ đó công tố viên nhận định ông Thăng biết hợp đồng 33 chưa đủ điều kiện về hồ sơ, chưa đủ điều kiện thanh toán, tạm ứng.
Cơ quan công tố kết luận ông Thăng có vai trò chính trong việc chỉ định thầu PVC, chỉ đạo ký hợp đồng số 33 trái pháp luật. Từ đó tạo điều kiện cho Trịnh Xuân Thanh cùng cấp dưới sử dụng sai mục đích gây thiệt hại 119 tỷ đồng. VKS cấp cao xét thấy các bị cáo đều khai nhận hành vi phạm tội của mình, riêng bị cáo Thăng không thừa nhận trách nhiệm như bản án sơ thẩm quy kết. Tại tòa phúc thẩm không có tình tiết nào mới.
Với cựu Phùng Đình Thực, VKS nhận định việc ông Thực khi chỉ đạo công việc năm 2011 đã yêu cầu hoàn thiện thiết kế dự án trước tháng 5/2011. Điều đó cho thấy ông Thực biết hợp đồng 33 chưa đủ điều kiện song vẫn ký nên phạm tội. Sau đó BQLDA đã gửi văn bản báo về những mâu thuẫn, vướng mắc tại hợp đồng số 33 và việc tạm ứng cả nghìn tỷ đồng. Ông Thực có biết và còn bút phê chuyển ông Sơn xử lý.
Từ những phân tích trên, đại diện VKS cấp cao giữ nguyên quan điểm buộc tội với các bị cáo trong vụ án. Với ông Đinh La Thăng, VKS cấp cao đề nghị giữ nguyên mức án 13 năm tù. Với hai cựu lãnh đạo PVN là Phùng Đình Thực, Nguyễn Quốc Khánh được đề nghị giảm nhẹ một phần hình phạt sau khi xem xét vai trò trong vụ án. VKS cấp cao đề nghị HĐXX xem xét giảm nhẹ hình phạt.
Năm bị cáo khác gồm Vũ Đức Thuận, Nguyễn Anh Minh, Bùi Mạnh Hiển, Lê Đình Mậu, Nguyễn Mạnh Tiến cũng được đề nghị giảm nhẹ một phần hình phạt tội của tham ô do thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tích cực khắc phục hậu quả. Các bị cáo còn lại Lương Văn Hòa; Vũ Hồng Chương; Trần Văn Nguyên; Trương Quốc Dũng; Nguyễn Thành Quỳnh và Ninh Văn Quỳnh VKS đề nghị giữ nguyên mức án.
