Theo kết luận điều tra, Ngân hàng Xây dựng được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận chủ trương phương án tái cơ cấu ngày 6/9/2012. Nắm quyền kiểm soát, ông Phạm Công Danh (SN 1965, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Ngân hàng Xây dựng, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm Tổng Giám đốc Cty TNHH Tập đoàn Thiên Thanh) đã chỉ đạo cấp dưới thuộc Cty Tập đoàn Thiên Thanh và Ngân hàng thực hiện lập các hồ sơ khống để rút tiền, vay tiền của Ngân hàng Xây dựng nhằm trả các khoản nợ, trả lãi ngoài và chi tiêu cá nhân.
Ngoài Cty Tập đoàn Thiên Thanh, Phạm Công Danh còn lập 29 doanh nghiệp khác và nhờ người thân, quen của Danh đứng tên làm giám đốc, đứng tên sở hữu cổ phần của Ngân hàng Xây dựng. Cơ quan điều tra xác định Danh là “ông chủ” duy nhất và có quyền quyết định tại Ngân hàng Xây dựng và các doanh nghiệp liên quan.
Danh và các đồng phạm đã rút tiền của Ngân hàng Xây dựng dưới hình thức lập hồ sơ khống nâng cấp hệ thống Corebanking gây thiệt hại 62 tỷ đồng; lập hồ sơ khống thuê trụ sở 268 Tô Hiến Thành (quận 10, TP HCM) gây thiệt hại 182 tỷ đồng; thuê trụ sở ở đường Sư Vạn Hạnh (quận 10, TP HCM) gây thiệt hại 400 tỷ đồng; rút 5.190 tỷ đồng không có chữ ký của chủ tài khoản và 300 tỷ đồng không có hồ sơ vay. Tổng cộng, Phạm Công Danh và các đồng phạm đã gây thiệt hại cho Ngân hàng Xây dựng trên 9.000 tỷ đồng.
Đồng phạm với Phạm Công Danh còn có 34 bị can khác bị đề nghị truy tố về các tội “Cố ý làm trái”, “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Trước đó, Phạm Công Danh đã bị Tòa phúc thẩm TANDTC phạt 6 năm tù về tội “Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản”./.