Cụ thể, Bộ Công Thương đề xuất Thủ tướng đồng ý về chủ trương để giao cho EVN là đơn vị tiếp nhận, quản lý, vận hành, kinh doanh, bảo trì công trình nhà máy sau khi chuyển giao. Theo đó, EVN chuẩn bị nhân sự, nguồn lực cần thiết, kinh phí có liên quan để chuẩn bị cho kế hoạch nhận chuyển giao, tham gia các bước chuẩn bị tiếp nhận nhà máy.
Sau khi hoàn thành thủ tục tiếp nhận chuyển giao, Bộ Công Thương đề nghị Thủ tướng đồng ý với hình thức xử lý tài sản chuyển giao là ghi tăng vốn nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp.
Trong văn bản, Bộ Công Thương cho rằng Bộ không có thẩm quyền giao một cơ quan, đơn vị tiếp nhận công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng để vận hành kinh doanh và bảo trì. Do đó, nếu tiến hành giao 2 nhà máy điện BOT này cho EVN tiếp nhận và quản lý vận hành thì phải báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định. Đặc biệt, trong trường hợp giao cho EVN theo hình thức ghi tăng vốn nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp thì thẩm quyền quyết định đầu tư bổ sung vốn cũng do Thủ tướng quy định.
Góp ý của Bộ Tài chính cũng cho thấy, việc xử lý nhà máy điện khi kết thúc Hợp đồng BOT được thực hiện theo quy định về đầu tư và quản lý, sử dụng tài sản công. Do vậy, việc lựa chọn đơn vị quản lý, vận hành các nhà máy điện này chỉ được thực hiện khi Bộ Công Thương báo cáo và có chỉ đạo của Thủ tướng.
Trong trường hợp đơn vị tiếp nhận tài sản là doanh nghiệp nhà nước và ghi tăng vốn thì cần đánh giá lại tài sản, ghi tăng tài sản và tăng vốn nhà nước. Còn nếu chỉ giao doanh nghiệp nhà nước quản lý, vận hành tài sản công mà không ghi tăng vốn thì việc quản lý được thực hiện theo quy định về quản lý, sử dụng tài sản công.
Trước đó, EVN và Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam cùng có đề xuất với Bộ Công Thương về việc tiếp nhận, vận hành, quản lý kinh doanh 2 nhà máy nhiệt điện BOT. Nhưng ngay trong đề xuất đầu tiên gửi Chính phủ, Bộ Công Thương đã kiến nghị Thủ tướng giao cho EVN tiếp nhận với lý do Tập đoàn này đang vận hành các nhà máy chạy khí tương tự với hai nhà máy Phú Mỹ 3 và Phú Mỹ 2.2. Vì vậy, việc giao cho EVN vận hành đảm bảo đầy đủ kinh nghiệm, tính liên tục trong quản lý vận hành các nhà máy.
Nhà máy nhiệt điện BOT Phú Mỹ 3 có công suất 716,8MW, được vận hành thương mại từ tháng 3/2004, có thời hạn vận hành kinh doanh 20 năm. Theo cam kết, nhà máy sẽ được chuyển giao không bồi hoàn cho phía Việt Nam vào ngày 1/3/2024. Nhà máy nhiệt điện BOT Phú Mỹ 2.2 có công suất 715MW đi vào vận hành thương mại năm 2005 và cam kết bàn giao cho Việt Nam vào ngày 4/2/2025.