Theo đó, KKT Nam Phú Yên có diện tích 20.730ha, giảm 250ha so với trước đây do cập nhật lại ranh giới tuyến đường bộ cao tốc Bắc - Nam theo báo cáo nghiên cứu khả thi đã được Bộ Giao thông vận tải thỏa thuận với địa phương.
Theo đồ án điều chỉnh, quy mô dân số đến năm 2030 khoảng 200.000 - 230.000 người và sẽ tăng lên khoảng 280.000 - 300.000 người trong năm 2040.
Cấu trúc quy hoạch đến năm 2040 với hình thái, không gian kiến trúc, tính chất và vị trí các khu chức năng của KKT Nam Phú Yên theo quy hoạch chung năm 2009 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại quyết định số 1712/QĐ-TTg ngày 23/10/2009 nhưng có sự điều chỉnh.
Cụ thể, vành đai công nghiệp phía Tây có hai trung tâm công nghiệp gắn với sân bay Tuy Hòa ở phía Bắc và cảng Bãi Gốc ở phía Nam để phát huy năng lực hạ tầng kỹ thuật khung quốc gia sân bay, cảng biển, đường bộ và đường sắt cao tốc Bắc - Nam. Vành đai ven biển ở phía Đông phát triển dịch vụ du lịch và đô thị. Hành lang xanh ven sông Ba và sông Bàn Thạch phát triển không gian sinh thái và dịch vụ du lịch.
Ngoài ra, còn có 3 trung tâm phát triển chính sẽ được hình thành, gồm: trung tâm đô thị và hậu cần sân bay, trung tâm đô thị Hòa Vinh, trung tâm đô thị thương mại ven biển; có tam giác phát triển du lịch phía Nam với 3 mũi nhọn là khu vực Biển Hồ - núi Đá Bia, khu du lịch Mũi Điện - Bãi Môn, khu du lịch Hòn Nưa.
Theo quy hoạch, KKT Nam Phú Yên được chia thành 6 phân khu chức năng. Trong đó, phân khu 1 là khu vực phát triển đô thị phía Bắc sân bay Tuy Hòa, định hướng phát triển khu đô thị sân bay và hình thành quỹ đất hậu cần sân bay - dự trữ phát triển mở rộng sân bay trong tương lai dài hạn, phát triển du lịch sinh thái ven sông Ba.
Phân khu 2 là khu vực phát triển đô thị du lịch, dịch vụ ven biển, định hướng phát triển quỹ đất thương mại dịch vụ du lịch hỗn hợp khu vực ven biển. Phân khu 3 là khu vực phát triển đô thị Hòa Vinh, định hướng hình thành đô thị nén, tập trung tại khu vực lõi Hòa Vinh, kết hợp với hệ thống cây xanh, mặt nước…
Phân khu 4 là khu vực phát triển du lịch, dịch vụ ven sông Bàn Thạch, định hướng phát triển mô hình dịch vụ du lịch sinh thái bán ngập, kết hợp nông nghiệp thủy sản công nghệ cao tại hạ lưu sông Bàn Thạch, phát triển mô hình khu du lịch sinh thái ven sông, trang trại nhà vườn sinh thái.
Phân khu 5 là khu vực phát triển công nghiệp tập trung, định hướng phát triển công nghiệp công nghệ cao, đa ngành. Phân khu 6 là khu vực phát triển phía Nam, định hướng hình thành tam giác phát triển du lịch đa dạng, chất lượng cao.
