Theo đó, với hình thức đầu tư xây dựng- chuyển giao, doanh nghiệp sẽ đầu tư đoạn đường sắt Bắc - Nam thay vì rẽ vào ga Nha Trang như hiện nay sẽ rẽ lên xã Vĩnh Trung, TP Nha Trang - nơi dự kiến xây dựng nhà ga mới. Đổi lại, doanh nghiệp được hoàn vốn bằng quỹ đất ga Nha Trang hiện tại, ngoại trừ công trình nhà ga Nha Trang được giữ lại làm bảo tàng đường sắt.
Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể đồng ý về mặt chủ trương để Công ty Tuấn Dung nghiên cứu tiền khả thi dự án bằng vốn doanh nghiệp. Hồ sơ báo cáo tiền khả thi sẽ được Bộ GTVT thẩm định, trước khi trình Chính phủ xem xét cho ý kiến.
5 năm trước, UBND tỉnh Khánh Hòa đã đề nghị Bộ GTVT xem xét đầu tư đưa ga Nha Trang ra khỏi phạm vi nội thành và tiếp tục kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc việc dời ga, vì lượng tàu ra vào ga với tần suất lớn, thường xuyên gây ùn tắc, mất an toàn giao thông trước ga và khu vực xung quanh.
Bộ GTVT mới đề nghị tỉnh Khánh Hòa nghiên cứu, đánh giá tổng thể sự cấp thiết, mục tiêu, phương án thu hồi đất, sử dụng quỹ đất sau khi triển khai dự án Cải tạo đường sắt khu vực ga Nha Trang để bỏ đường vòng.