Theo đó, cơ quan thanh tra thực hiện Văn bản 5774/VP-KTTH ngày 17/6/2022 của UBND TP về việc lập đoàn thanh tra liên ngành tại dự án trên (theo kết quả kiểm toán tại Thông báo 485/TB-KTNN ngày 29/12/2020 của Kiểm toán Nhà nước), trong đó: Thanh tra việc ký hợp đồng với nhà thầu khi chưa giải phóng mặt bằng (GPMB) theo đúng tiến độ, chưa xác định được kế hoạch bàn giao mặt bằng, di chuyển chướng ngại vật nhưng không thương thảo để điều chỉnh kế hoạch bàn giao mặt bằng (gói thầu CP-01, CP-02, CP-03); việc giám sát, sử dụng các nhà thầu phụ tham gia thực hiện tại gói thầu CP-01, CP-02.
KLTT nêu, tại thời điểm điều chỉnh giá gói thầu CP01 và CP02, chủ đầu tư chưa thực hiện việc lập dự toán điều chỉnh theo phương pháp bù trừ trực tiếp, hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp điều chỉnh bằng chỉ số giá xây dựng theo khoản 2, khoản 3 Điều 11 Nghị định 112/2009/NĐ-CP; khoản 3 Điều 36 Nghị định 48/2010/NĐ-CP ; khoản 1 Điều 7 Thông tư 08/2010/TT-BXD dẫn tới việc thanh toán, quyết toán gói thầu CP01, CP02 chưa chính xác.
Việc ký hợp đồng với nhà thầu nhưng chưa GPMB theo đúng tiến độ, chưa xác định được kế hoạch bàn giao mặt bằng, di chuyển chướng ngại vật nhưng không thương thảo để điều chỉnh kế hoạch bàn giao mặt bằng.
KLTT cũng nêu tiến độ thời gian GPMB còn chậm. UBND quận Đống Đa ban hành thông báo thu hồi đất năm 2012 và bàn giao mặt bằng (Ga S10, 11) từ 2016 - 2022 mới xong (việc chậm chủ yếu ở giai đoạn 2016 - 2020);
UBND quận Hoàn Kiếm ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S12) từ 2017 - 2019 mới xong; UBND quận Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S9) từ 2016 - 2022 mới xong, là chưa thực hiện đúng về thời gian theo quy định tại Điều 67, Điều 68, Điều 69 , Điều 70, Điều 93 Luật Đất đai 2013; khoản 2 Điều 108 Luật Xây dựng 2014; chưa thực hiện đúng tiến độ GPMB theo chỉ đạo của UBND Hà Nội.
Công tác di chuyển công trình hạ tầng kỹ thuật của dự án vẫn chưa thực hiện xong dẫn đến dự án bị kéo dài.
Trước những tồn tại, thiếu sót trên, Thanh tra TP kiến nghị UBND TP: Giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm tổ chức, cá nhân để xảy ra các tồn tại, tham mưu UBND TP xử lý theo quy định. Chỉ đạo BQL đường sắt đô thị Hà Nội kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu với gói thầu số CP01, CP02 làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định.
Khẩn trương thực hiện di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện dự án.
Dự án tuyến đường sắt đô thị thí điểm đoạn Nhổn - Ga Hà Nội dài 12,5km, gồm 8,5km trên cao và 4km đi ngầm; đi qua các quận: Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm, Cầu Giấy, Ba Đình, Đống Đa, Hoàn Kiếm; khởi công tháng 9/2010.