Cụ thể, tàu SE1 xuất phát tại ga Hà Nội 22h15 đến Sài Gòn5h45, tàu SE2 xuất phát tại ga Sài Gòn 21h55 đến Hà Nội 5h30. Theo hành trình, Đoàn tàu dừng chủ yếu tại các ga lớn: Huế (10h54), Đà Nẵng (13h42) và ngược lại Đà Nẵng (14h01), Huế (16h35). Đây là đôi tàu có hành trình nhanh và được ưu tiên nhất trên tuyến đường sắt Bắc - Nam.
Đối với tàu địa phương, trước mắt, tổ chức chạy lại tàu NA1/2 (tuyến Hà Nội - Vinh) và LP5/6 (tuyến Hà Nội - Hải Phòng) với hành trình cụ thể như sau: Tuyến Hà Nội - Hải Phòng, từ ngày 24/4/2020, tổ chức chạy tàu LP5 chạy tại ga Hà Nội 15h20 (chạy tại Long Biên 15h30 thứ 2 - thứ 6); tàu LP6 chạy tại ga Hải Phòng 9h05. Tuyến Hà Nội - Vinh: Từ ngày 23/4/2020, tàu NA1 chạy tại ga Hà Nội 22h45; tàu NA2 chạy tại ga Vinh 22h05. Đặc biệt, hành khách mua vé tàu tuyến Hà Nội - Vinh sẽ được giảm giá từ 10-30%.
Trong những ngày tới, căn cứ vào nhu cầu đi lại của hành khách, ngành Đường sắt sẽ tiếp tục tổ chức chạy lại tàu trên các tuyến: Sài Gòn – Nha Trang, Sài Gòn – Phan Thiết, Sài Gòn – Đà Nẵng; Hà Nội – Đồng Hới, Hà Nội – Đà Nẵng, Hà Nội – Yên Bái, Hà Nội – Lào Cai...
