Qua thanh tra cho thấy, việc cổ phần hóa, thoái hết vốn nhà nước tại CQN đã thực hiện không đúng với Đề án tái cơ cấu Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam giai đoạn 2012-2015, trong đó cổ phần hóa CQN, Nhà nước nắm giữ 75% vốn điều lệ; việc Bộ GTVT cho phép Vinalines chuyển nhượng 75,01% cổ phần thuộc sở hữu nhà nước theo phương thức thỏa thuận trực tiếp khi không báo cáo, chưa được Thủ tướng Chính phủ cho phép là trái thẩm quyền, vi phạm quy định của Nghị định số 71/2013/NĐ-CP và Thông tư số 220/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính, do đó 75,01% cổ phần mà Vinalines đã chuyển nhượng cho Công ty Hợp Thành phải xử lý thu hồi về sở hữu nhà nước; các tổ chức, cá nhân có khuyết điểm, vi phạm phải xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.
TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT (trong đó Bộ GTVT chỉ đạo Vinalines), Văn phòng Chính phủ, UBND tỉnh Bình Định chủ trì kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với các tập thể, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm trong quá trình thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại CQN nêu tại Kết luận thanh tra.
Đồng thời, TTCP chuyển Kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với những cán bộ thuộc diện Trung ương quản lý có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm nêu tại Kết luận thanh tra.
Giao Bộ GTVT chủ trì, chỉ đạo, thực hiện việc thu hồi 75,01% cổ phần tại Công ty cổ phần CQN về sở hữu nhà nước, đảm bảo an ninh quốc phòng, lợi ích của Nhà nước và nhà đầu tư theo quy định pháp luật; chỉ đạo Vinalines xem xét, xử lý việc bán 10% cổ phần khi cổ phần hóa cho Công ty Hợp Thành theo Điểm 2.2 Mục 2 Hợp đồng số 01/CĐCL/CQN-HT (ngày 20/9/2013).
TTCP yêu cầu UBND tỉnh Bình Định chỉ đạo, tổ chức thực hiện việc đền bù, giải phóng mặt bằng, phục vụ đầu tư nâng cấp, mở rộng CQN, đảm bảo nâng cao năng lực, chất lượng, hiệu quả hoạt động của CQN. Công ty Cổ phần CQN thực hiện: Đầu tư nâng cấp, mở rộng CQN theo quy hoạch và Phương án cổ phần hoá CQN đã được phê duyệt; hạch toán giảm chi phí khấu hao tài sản cố định, tăng lợi nhuận và nộp NSNN số tiền 5,236 tỷ đồng; thực hiện việc niêm yết cổ phiếu CQN trên sàn giao dịch chứng khoán theo đúng quy định của pháp luật./.
