Kiến nghị này được Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đưa ra trong báo kết quả kiểm toán năm 2018 đối với niên độ ngân sách năm 2017 được gửi tới kỳ họp thứ 7 Quốc hội khóa XIV. Theo báo cáo, dự toán chi đầu tư phát triển, dự toán Quốc hội quyết định 357.150 tỷ đồng. Trong đó, vốn trong nước 283.116 tỷ đồng, vốn ngoài nước 74.034 tỷ đồng.
Đáng chú ý, kết quả kiểm toán công tác giao KHV tại Bộ KH&ĐT cho thấy nhiều vi phạm. Cụ thể, theo báo cáo của KTNN, công tác giao chi tiết kế hoạch vốn (KHV) đầu tư phát triển năm 2017 nguồn NSNN 4 lần sau ngày 20/12/2016 chưa tuân thủ với quy định tại khoản 6 Điều 66 Luật Đầu tư công số 49/2014/QH13; chưa ưu tiên bố trí KHV cho các dự án đã hoàn thành, các dự án đăng ký nhu cầu vốn hoàn ứng, dự án đăng ký nhu cầu vốn trả nợ; bố trí vốn khởi công mới không phù hợp, không đảm bảo thứ tự ưu tiên.
Theo cơ quan kiểm toán, việc Bộ KH&ĐT giao KHV ngoài nước cho 4 Dự án đường cao tốc của VEC 5.338 tỷ đồng không đúng Nghị quyết số 07-NQ/TW ngày 18/11/2016 và Nghị quyết số 25/2016/QH14 ngày 9/11/2016 của Quốc hội. Theo đó, 4 dự án được cơ quan kiểm toán điểm tên gồm: Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi 2.600 tỷ đồng; Dự án đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây hơn 498 tỷ đồng (KH vốn giao đầu năm 590 tỷ đồng, điều chỉnh giảm tại Công văn số 5745/BKHĐT-KTĐN ngày 14/7/2017 của Bộ KH&ĐT);
Dự án đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai 133,5 tỷ đồng (KH vốn giao đầu năm 253 tỷ đồng, điều chỉnh giảm tại Công văn số 5745/BKHĐT-KTĐN ngày 14/7/2017 của Bộ KH&ĐT); Dự án đường cao tốc Bến Lức - Long Thành 2.105,5 tỷ đồng (KHV giao đầu năm 1.394,5 tỷ đồng, điều chỉnh tăng tại Công văn số 5745/BKHĐT-KTĐN ngày 14/7/2017 của Bộ KH&ĐT (1.605,5 tỷ đồng), và Công văn số 10477/BKHĐT-KTĐN ngày 26/12/2017 (2.105,5 tỷ đồng).
Cũng theo báo cáo của KTNN, năm 2018, Bộ KH&ĐT giao tiếp KHV 2.363,9 tỷ đồng, cụ thể: Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi hơn 1.076 tỷ đồng; Dự án đường cao tốc TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây 74,7 tỷ đồng; Dự án đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai (giai đoạn 1) là 29,6 tỷ đồng; Dự án đường cao tốc Bến Lức - Long Thành hơn 1.183 tỷ đồng.
Về việc giao KHV cho VEC không đúng quy định, Kiểm toán nhà nước kính đề nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ KH&ĐT, trình cấp có thẩm quyền xử lý dứt điểm việc chuyển đổi 4 dự án của VEC từ hình thức cho vay lại sang hình thức Nhà nước đầu tư trực tiếp; trong khi chưa được chấp thuận tiến hành các thủ tục điều chỉnh giảm kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 của 4 dự án VEC 22.010 tỷ đồng; thu hồi KHV đã giao cho 4 dự án VEC năm 2016 là 3.866 tỷ đồng, năm 2017 là 5.338 tỷ đồng và năm 2018 là 2.319 tỷ đồng.