Theo UBND tỉnh Bắc Ninh, trước đó, trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh, Cục Đường thủy Nội địa Việt Nam (Bộ GTVT) chấp thuận cho các đơn vị thực hiện nạo vét luồng kết hợp tận thu cát sỏi trên sông Cầu. Quá trình triển khai dự án đã xảy ra việc lợi dụng để khai thác cát trái phép.
Có thời điểm, trên địa bàn dự án nạo vét luồng có 40 tàu hoạt động gây mất an ninh tại các xã Việt Thống, Quế Tân, Phù Lương (huyện Quế Võ, tỉnh Bắc Ninh). Đê hữu sông Cầu xảy ra sạt lở đứng với chiều dài 50m, ăn sâu vào bãi 5 – 10m, tỉnh Bắc Ninh đã phải bố trí 30 tỷ đồng để xử lý sự cố.
UBND tỉnh Bắc Ninh nhiều lần kiến nghị tạm dừng triển khai dự án nạo vét đường thủy kết hợp tận thu sản phẩm trên địa bàn tỉnh.
Sau đó, tỉnh đã dừng triển khai thực hiện dự án nạo vét, duy tu luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu. Tuy nhiên, thông tin với báo giới, phía tỉnh Bắc Ninh cho biết, Chủ tịch tỉnh và một số lãnh đạo cơ quan tại Bắc Ninh đã bị "khủng bố" tin nhắn, điện thoại với nội dung phải để cho dự án trên sông Cầu tiếp tục được thực hiện.
Trước thực trạng trên, UBND tỉnh Bắc Ninh gửi công văn đề nghị không cho tiếp tục triển khai thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm các đoạn từ Km1+000-Km30+000 trên sông Cầu". Đồng thời, lãnh đạo tỉnh kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công an vào cuộc điều tra nguyên nhân sự việc, điều tra các cá nhân từ Trung ương đến địa phương đứng sau bảo kê, đe dọa cán bộ chuyên môn, lãnh đạo Sở, ngành và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh làm sự việc ngày càng trở nên nghiêm trọng.