Nguyễn Thị Phương Nhi là một doanh nhân giỏi, từng được các cấp Trung ương và địa phương tặng thưởng rất nhiều bằng khen, giấy khen. Trong quá trình điều hành Cty TNHH MTV Hòa Nhi (viết tắt là Cty Hòa Nhi, có trụ sở đặt tại xã Hải Lệ, thị xã Quảng Trị), với cương vị chủ tịch kiêm giám đốc, Nguyễn Thị Phương Nhi đã đưa ra một số dự án thiết thực, được các sở ban ngành đánh giá cao.
Năm 2011, dự án “Ứng dụng công nghệ tiên tiến phục vụ phát triển chăn nuôi lợn trang trại công nghiệp tại tỉnh Quảng Trị” của Cty Hòa Nhi do Nhi trình lên các cấp được Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) phê duyệt.
Tháng 9/2012, Cty Hòa Nhi được Văn phòng Chương trình nông thôn miền núi (thuộc Bộ KH&CN) và Sở KH&CN tỉnh Quảng Trị giao chủ trì thực hiện dự án “Xây dựng mô hình ứng dụng công nghệ tiên tiến trong chăn nuôi lợn quy mô công nghiệp tại tỉnh Quảng Trị” thuộc chương trình “Hỗ trợ ứng dụng và chuyển giao tiến bộ khoa học và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội nông thôn và miền núi giai đoạn 2011 – 2015”.
Tổng kinh phí thực hiện dự án là 8 tỷ đồng, trong đó Nhà nước hỗ trợ 2,4 tỷ đồng (cấp làm 3 đợt trong ba năm), có thời gian thực hiện dự án là 30 tháng (từ tháng 6/2012 đến tháng 11/2014). Với yêu cầu thực hiện đúng báo cáo thuyết minh, báo cáo quyết toán và báo cáo tình hình sử dụng kinh phí được cấp... Đồng thời, sau khi kết thúc dự án Cty này có trách nhiệm nộp, chuyển cho Văn phòng chương trình nông thôn miền núi những tài liệu, sản phẩm nêu trong thuyết minh dự án để đánh giá, nghiệm thu...
Tiến trình thực hiện dự án, Cty Hòa Nhi được cấp kinh phí 2 đợt với tổng số tiền là 1,7 tỷ đồng (đợt 1 vào năm 2012 cấp 700 triệu đồng và đợt 2 vào năm 2013 cấp 1 tỷ đồng) nhưng Cty này đã thực hiện dự án không đảm bảo tiến độ, kết quả nghiệm thu được đánh giá là “không đạt” theo đúng ký kết.
Trong tổng số kinh phí được cấp hỗ trợ trên, Nguyễn Thị Phương Nhi đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để lập khống hồ sơ, chứng từ kế toán đối với các khoản chi mua lợn giống, chi trả công lao động cùng một số khoản chi khác của dự án hòng chiếm đoạt số tiền gần 914 triệu đồng.
Cụ thể, trong việc kê khai mua lợn giống: Nguyễn Thị Phương Nhi đã ký kết hợp đồng với Cty giống miền Bắc do Nguyễn Đình Mạnh (SN 1976) làm giám đốc để mua 128 con lợn giống với giá 984 triệu đồng từ Cty của Mạnh. Nhi yêu cầu Mạnh giao hóa đơn GTGT, biên bản nghiệm thu thanh lý hợp đồng (có nội dung Cty giống miền Bắc đã xuất bán và bàn giao cho Cty Hòa Nhi 128 con lợn giống, trị giá 984 triệu đồng) trước cho Nhi khi chưa có việc giao nhận lợn và Mạnh đồng ý.
Tuy nhiên sau đó Nhi không thực hiện như cam kết mà chỉ mua 30 con lợn giống trị giá 256 triệu đồng. Như vậy, Nguyễn Thị Phương Nhi đã nâng khống thêm 98 con lợn, chiếm đoạt số tiền 728 triệu đồng.
Còn trong việc chi khống tiền lương lao động: Để đối phó với yêu cầu của dự án về trình độ nhân công chăm giống lợn, Nhi đã mượn 8 bằng Đại học, Cao đẳng, Chứng chỉ nghề về lĩnh vực thú y của 8 người trên địa bàn hai huyện Triệu Phong và Gio Linh, tỉnh Quảng Trị rồi lập khống hợp đồng lao động, bảng kê tiền lương, phiếu chi lương. Sau đó, giả chữ kí của 8 người này trên các giấy tờ để thanh toán tiền công lao động thực hiện dự án trong thời gian 16 tháng, với tổng số tiền gần 257 triệu đồng.
Tuy Nhiên, thực tế Nhi thuê 8 lao động khác để chăn nuôi đàn lợn của dự án trong thời gian 6 tháng với tổng mức lương chi trả là hơn 98 triệu đồng. Như vậy, số tiền Nhi chiếm đoạt từ khoản này là hơn 158 triệu đồng.
Sau khi hành vi này này bị phát giác, Nguyễn Thị Phương Nhi đã tác động gia đình tự nguyện nộp lại số tiền 80 triệu đồng để khắc phục một phần hậu quả.
Trước vành móng ngựa, Nguyễn Thị Phương Nhi thừa nhận lập khống, chiếm đoạt kinh phí dự án để xây dựng hoàn thiện hệ thống chuồng trại, trả lãi ngân hàng và sử dụng vào một số mục đích cá nhân khác nhưng không nhớ cụ thể...
Căn cứ vào kết quả điều tra và thẩm vấn công khai tại phiên tòa, xét thấy hành vi của bị cáo đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của Cơ quan nhà nước, làm ảnh hưởng đến quá trình thực hiện chủ trương chính sách phát triển kinh tế ở địa phương nên HĐXX đã tuyên phạt Nguyễn Thị Phương Nhi 15 năm tù giam.Đồng thời Nhi phải tiếp tục hoàn trả số tiền gần 834 triệu đồng còn lại cho Văn phòng Chương trình nông thôn miền núi.
Còn đối với Nguyễn Đình Mạnh, giám đốc Cty giống miền Bắc đã có hành vi là cùng với Nhi lập các biên bản nghiệm thu ngân phí, xuất khống hóa đơn GTGT nên HĐXX cấp sơ thẩm cũng kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xem xét hành vi này của Mạnh để xử lý theo quy định của pháp luật.