Liên quan vụ án, cơ quan điều tra giữ nguyên quan điểm đề nghị truy tố Hồng Anh về tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng. Trước đó, đầu tháng 8, Hồng Anh và đồng phạm bị xét xử tại TAND Hà Nội với cáo buộc Lừa đảo chiếm đoạt tài sản và Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng. Tuy nhiên, sau một ngày xét xử, tòa đã trả hồ sơ điều tra lại và cho rằng bị cáo Hồng Anh, Ngà phạm tội Tham ô tài sản.
Theo điều tra bổ sung, CAScon có 55% vốn của Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (Vinashin, doanh nghiệp Nhà nước), 45% còn lại do Công ty Toong Goen Enterprise Co., Ltd (Đài Loan) góp. Vinashin sau này chuyển nhượng cổ phần cho một công ty khác, còn giữ lại 25%. Ngày 23/7/2008, Hồng Anh được bổ nhiệm làm Tổng Giám đốc (sau này kiêm Chủ tịch Hội đồng quản trị) của CAScon. Tháng 10/2010, bà bổ nhiệm Ngà làm Trưởng phòng Kinh doanh.
Năm 2010, Công ty United Arab Shipping Company (UASC) thuộc Các tiểu Vương quốc Ả-rập liên hệ với CAScon mua 10.000 container với giá hơn 4.000 USD một chiếc. Hồng Anh đề nghị UASC chỉ ký hợp đồng mua bán trực tiếp với CAScon số lượng 1.000 containner. Phần lớn số hàng hóa còn lại (9.000 container), nữ Tổng Giám đốc đề nghị bán thông qua đơn vị trung gian là Công ty TNHH Đầu tư quốc tế Sunny Investment (SNI) do Hồng Anh và Hsu Wen-Ta (Đài Loan, Trung Quốc ) thành lập ra, trụ sở tại quần đảo Virgin, thuộc Liên hiệp Vương quốc Anh. Hồng Anh hứa hẹn sẽ chiết khấu cho UASC 1,35%.
Thực hiện hợp đồng với UASC, Hồng Anh dùng hợp đồng mua bán hàng hóa, phụ lục hợp đồng, biên bản ghi nhớ và phương án kinh doanh để vay của một ngân hàng hơn 31 triệu USD. Thực hiện hợp đồng, CAScon đã sản xuất, chuyển giao hàng hóa và nhận của ngân hàng hơn 39 triệu USD.
Cuối năm 2011, do không thấy SNI chuyển trả đủ tiền vào tài khoản nên ngân hàng yêu cầu Hồng Anh cung cấp hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp này để tiến hành đòi nợ. Nhằm che đậy mánh khóe của mình, Hồng Anh chỉ đạo Ngà sử dụng email với danh nghĩa là đại diện SNI xin khất nợ ngân hàng. Quá trình điều tra, cơ quan công an làm rõ, ngay sau khi tham gia mua bán container số lượng lớn thì SNI đã được bán cho người khác và hiện không có bất cứ hoạt động sản xuất, kinh doanh gì.
Hiện Hồng Anh mới chỉ trả cho ngân hàng 11 triệu USD... 16,7 triệu USD (353 tỷ đồng) bà ta và đồng phạm bị cáo buộc chiếm đoạt. Cơ quan tố tụng còn làm rõ, từ năm 2010 đến năm 2011, Hồng Anh lần lượt ký hai hợp đồng tín dụng với Công ty Tài chính công nghiệp tàu thủy (VFC) để vay 30 tỷ đồng. Sau đó, bà này đã tự ý bán các tài sản thế chấp là 258 container 20DC, 150 container 40 HC và 1,1 triệu kilogram thép, thu về 38 tỷ đồng.
Hồng Anh chỉ trả cho VFC 10 tỷ đồng, số còn lại 28 tỷ (gồm cả lãi phát sinh), nữ Tổng Giám đốc dùng vào hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp và mất khả năng thanh toán.
Về hành vi cố ý làm trái quy định Nhà nước trên, năm 2015, Hồng Anh đã bị cấp tòa sơ thẩm xử phạt 17 năm tù. Tuy nhiên sau đó, TAND Cấp cao tại Hà Nội tuyên hủy bản án sơ thẩm, đồng thời nhập hành vi sai phạm này của nữ Tổng Giám đốc vào vụ án trên để giải quyết.