Trong quá trình nghiên cứu xây dựng, bên cạnh quan điểm giữ nguyên quy định hiện hành về cơ quan có trách nhiệm bồi thường thì đa số ý kiến cho rằng, Dự thảo Luật sửa đổi cần quy định cơ quan giải quyết bồi thường theo hướng TANDTC, TAND cấp cao, VKSNDTC, VKSND cấp cao, các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ là cơ quan giải quyết bồi thường khi chính mình là cơ quan gây thiệt hại.
Đặc biệt, cần quy định UBND cấp tỉnh, các cơ quan tiến hành tố tụng, thi hành án dân sự cấp tỉnh là cơ quan giải quyết bồi thường tập trung đối với các vụ việc mà cơ quan gây thiệt hại là UBND, cơ quan tiến hành tố tụng, cơ quan thi hành án cấp tỉnh, cấp huyện; UBND cấp huyện là cơ quan giải quyết bồi thường tập trung đối với vụ việc mà cơ quan gây thiệt hại là UBND cấp xã.
Bên cạnh đó, một số ý kiến đề nghị nghiên cứu, quy định mô hình cơ quan giải quyết bồi thường theo hướng tập trung vào một đầu mối là Bộ Tư pháp. Theo đó, Bộ Tư pháp sẽ đại diện cho Nhà nước giải quyết bồi thường. Việc thống nhất cơ quan giải quyết bồi thường sẽ góp phần chuyên nghiệp hoạt động giải quyết bồi thường, đáp ứng yêu cầu của người bị thiệt hại và không cần xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường.
Tuy nhiên, trong điều kiện hiện nay, việc giao cho một cơ quan làm đầu mối giải quyết bồi thường là không khả thi vì sẽ làm phát sinh tổ chức, bộ máy, biên chế và làm tăng chi phí cho hoạt động giải quyết bồi thường.
Hơn nữa, việc giao cho Bộ Tư pháp có chức năng quản lý nhà nước về công tác bồi thường lại thực hiện giải quyết bồi thường sẽ không khách quan trong hoạt động giải quyết bồi thường. Đồng thời, để có thể vừa thực hiện quản lý nhà nước, vừa thực hiện giải quyết bồi thường trong khi không được phát sinh bộ máy, không được tăng biên chế thì Bộ Tư pháp không thể thực hiện được, nhất là công chức giải quyết bồi thường thuộc Bộ Tư pháp không có chuyên môn sâu về các ngành, lĩnh vực kinh tế, kỹ thuật, khoa học liên quan đến yêu cầu bồi thường dẫn đến khó khăn trong việc giải quyết bồi thường.
Tại cuộc họp chỉnh lý Dự thảo Luật vào ngày 5/7, Thứ trưởng Nguyễn Khánh Ngọc cũng nhấn mạnh phải chú trọng xây dựng quy định về cơ quan giải quyết bồi thường để bảo đảm việc giải quyết bồi thường khách quan, minh bạch.
Hiện Dự thảo Luật sửa đổi được thiết kế theo phương án tinh giản bởi như vậy sẽ giảm bớt số lượng cơ quan giải quyết bồi thường vì theo Luật hiện hành, số lượng cơ quan giải quyết bồi thường là rất lớn từ cấp xã đến cấp Trung ương.
Nếu theo phương án thu gọn này, ước tính số lượng cơ quan giải quyết bồi thường trên phạm vi toàn quốc sẽ giảm từ khoảng 25.000 xuống chỉ còn khoảng hơn 1.000 cơ quan. Về cơ bản, nhằm góp phần khắc phục tình trạng đùn đẩy, né tránh trách nhiệm giải quyết bồi thường, Dự thảo Luật quy định trong lĩnh vực quản lý hành chính thì UBND cấp xã không còn là cơ quan giải quyết bồi thường; trong lĩnh vực tố tụng, thi hành án dân sự thì cơ quan cấp huyện không còn là cơ quan giải quyết bồi thường.
