Qua thanh tra, cơ quan thanh tra đã phát hiện tình trạng nhiều khu công nghiệp, chủ đầu tư đã tự thay đổi quy hoạch, xây dựng không đúng quy hoạch, sử dụng đất sai mục đích thu lợi bất hợp pháp, gây lãng phí, thất thoát tài sản Nhà nước…
Cụ thể, nhiều doanh nghiệp thuê đất trong các khu công nghiệp, nhưng không đưa vào khai thác, sử dụng, dẫn đến lãng phí tài nguyên đất hơn 53.000m2 như Công ty CP Hùng Vương có 41.767m2 tại khu công nghiệp Hiệp Phước, Công ty CP Đầu tư Việt Nam có 7.273m2 tại khu công nghiệp Lê Minh Xuân, Công ty TNHH Nga Băng Cốc có 4.000m2 tại khu công nghiệp Tân Bình.
Tại khu công nghiệp Tây Bắc Củ Chi, Công ty Thương mại Củ Chi và Công ty CP Bia rượu nước giải khát (Sabeco) đã ký hợp đồng số 04/HĐCT ngày 1/6/2004 thuê 50ha để xây dựng và vận hành nhà máy sản xuất bia thời hạn 43 năm. Sabeco đã thanh toán toàn bộ số tiền thuê là 188 tỷ 390 triệu đồng.
Tuy nhiên, Sabeco mới đầu tư và sử dụng khoảng 26ha, còn 24ha chưa đưa vào sử dụng trong suốt 9 năm. Hơn nữa, Sabeco không xin gia hạn thời gian sử dụng đất, vi phạm Điều 15, Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ, gây lãng phí đất và tiền thuê đất đã thanh toán khoảng 18 tỷ đồng.
Ở khu công nghiệp Tân Tạo (thuộc ITACO) ở huyện Bình Chánh, Ban Quản lý khu công nghiệp đã cho phép ITACO điều chỉnh quy hoạch không đúng thẩm quyền. ITACO tự chia tách, điều chỉnh quy hoạch,
hia tách, tự quy hoạch một số khu đất để cho các đơn vị thuê, chuyển nhượng lại, hoặc sử dụng đất không đúng mục đích so với quy hoạch chi tiết 1/2.000 đã được Bộ Xây dựng phê duyệt, với tổng diện tích 106.190m2, thu lợi hơn 107 tỷ đồng.
Ngoài ra, ITACO còn tự chia, tách một số khu đất đã quy hoạch xây dựng bãi rác công nghiệp, kho tàng, bến bãi, trồng cây xanh tập trung để cho các doanh nghiệp thuê lại, hoặc tự đầu tư sử dụng vào mục đích khác, với tổng diện tích 10.446m2, thu lợi hơn 9,5 tỷ đồng.
Đối với khu công nghiệp Tân Bình mở rộng, việc sử dụng lô đất (ký hiệu cụm 1) diện tích 5,25ha và lô đất (ký hiệu cụm 2) diện tích 2,31ha theo quy hoạch là đất công nghiệp, nhưng đem xây dựng kho bãi cho thuê. Lô đất cụm 4 diện tích 2,3ha theo quy hoạch được duyệt là đất trung tâm điều hành, dịch vụ công cộng, nhưng hiện tại là cây xăng, kho bãi cho thuê, đất cây xanh xây dựng sân tennis, nhà điều hành cho thuê, dẫn đến sử dụng đất chưa đúng mục đích, phá vỡ quy hoạch.
Trong khi đó, khu công nghiệp Vĩnh Lộc, sau hơn 20 năm, chủ đầu tư vẫn chưa giải phóng mặt bằng xong. Mặt khác, khu công nghiệp Vĩnh Lộc chưa hoàn thành việc đầu tư xây dựng đồng bộ, hoàn chỉnh hạ tầng khu công nghiệp theo quy hoạch chi tiết được phê duyệt; chỉ đầu tư từng hạng mục công trình để cho thuê.
Qua kiểm tra thực tế, chủ đầu tư khu công nghiệp Vĩnh Lộc đã và đang sử dụng một số khu đất không đúng mục đích so với quy hoạch được duyệt, như dùng một phần đất kho tàng cho Công ty Thuốc lá Bến Thành thuê xây dựng nhà máy sản xuất, sử dụng đất cây xanh xây dựng nhà máy xử lý nước thải, văn phòng, đất bãi đậu xe xây dựng cây xăng, ki ốt cho thuê. Công ty CP Hoàng Quỳnh xây dựng nhà máy bia công suất 100 triệu lít/năm trên diện tích 1,5ha nhưng không có giấy phép xây dựng.
Việc xây dựng không đúng với các tiêu chí quy hoạch được duyệt, xây dựng nhà máy bia vượt ra ngoài ranh đất, lấn vào phần đất giao thông của khu công nghiệp…
Để xảy ra những tồn tại, khuyết điểm, sai phạm tại các khu công nghiệp nêu trên, trách nhiệm của các chủ đầu tư khu công nghiệp, các sở ngành của TPHCM (Sở Tài nguyên Môi trường, Sở Xây dựng…) và UBND các quận, huyện.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND TPHCM có biện pháp giải quyết, xử lý đối với đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm. Truy thu tiền sử dụng đất, thu hồi các khoảng thu không hợp pháp từ việc vi phạm pháp luật.
Yêu cầu chủ đầu tư triệt để khắc phục các sai phạm, nhất là sai phạm liên quan đến sử dụng đất không đúng mục đích, xây dựng công trình không đúng quy hoạch, không có giấy phép xây dựng, chưa trồng cây trên đất trồng cây xanh theo đúng quy định của pháp luật.
Đồng thời, kiểm tra việc quản lý, sử dụng 17,7ha đất tái định cư, bảo đảm không gây thất thoát, thiệt hại tài sản của nhà nước.