Bên cạnh nhận định công tác giám định tư pháp có những bước chuyển biến tích cực ngày càng nề nếp, hiệu quả, hoạt động giám định tư pháp đã phục vụ ngày càng tốt hơn cho hoạt động tố tụng, góp phần quan trọng vào việc giải quyết các vụ án được chính xác, khách quan và đúng pháp luật, Bộ Tư pháp còn chỉ ra những hạn chế trong công tác này. Trong đó, quy định về thời hạn giám định chưa đầy đủ.
Ngoài một số loại việc có quy định thời hạn giám định trong pháp luật về tố tụng hình sự, còn lại hầu hết các loại việc khác (chủ yếu liên quan đến giám định phục vụ giải quyết án tham nhũng) hiện không có quy định nên thời gian thực hiện giám định trong các vụ án kinh tế, tham nhũng bị kéo dài, dẫn đến một số vụ án vi phạm thời hạn tố tụng, gây ảnh hưởng đến tiến độ xử lý các vụ án này.
Chính vì thế, sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Giám định Tư pháp, Bộ Tư pháp đề xuất bổ sung quy định về thời hạn giám định. Cụ thể, thời hạn giám định tư pháp đối với các trường hợp bắt buộc phải trưng cầu giám định được thực hiện theo quy định của pháp luật về tố tụng hình sự. Thời hạn giám định tư pháp đối với các trường hợp khác trong hoạt động tố tụng tối đa là 3 tháng.
Trong trường hợp vụ việc giám định có quy mô lớn, phức tạp về nội dung chuyên môn hoặc liên quan đến nhiều lĩnh vực, cơ quan khác nhau thì có thể dài hơn 3 tháng hoặc có thể gia hạn nhưng phải bảo đảm thời gian hoàn thành việc giám định phù hợp với thời hạn điều tra, truy tố, xét xử vụ án hình sự, vụ việc dân sự, vụ án hành chính theo quy định của pháp luật về tố tụng (theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự thì thời hạn điều tra tối đa là 4 tháng và có thể gia hạn).
Trong quá trình soạn thảo, có ý kiến cho rằng, vấn đề căn cứ trưng cầu giám định; đánh giá, sử dụng kết luận giám định và thời hạn giám định thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật về tố tụng nên cần cân nhắc khi quy định trong Luật này. Tuy nhiên, pháp luật tố tụng hiện hành chỉ quy định một số nội dung cơ bản về giám định tư pháp, nhiều nội dung khác do Luật giám định tư pháp quy định. Các vấn đề nêu trên đều là những khó khăn, vướng mắc nhất trong thời gian qua khi giải quyết các vụ án tham nhũng nhưng chưa được quy định trong Luật về tố tụng và cũng là vấn đề cần sửa đổi, bổ sung theo yêu cầu của Ban Chỉ đạo trung ương về phòng chống tham nhũng.
Bộ Tư pháp cho rằng, giám định tư pháp là một phần trong hoạt động tố tụng, đây là văn bản quy định chuyên về giám định tư pháp, do đó, trong bối cảnh các bộ luật về tố tụng mới được ban hành năm 2015, chưa có điều kiện để sửa đổi, bổ sung thì có thể quy định các nội dung này ngay trong Luật giám định tư pháp mà vẫn không mâu thuẫn, xung đột với pháp luật tố tụng để đáp ứng nhu cầu thực tiễn.
Một vấn đề khác cũng được đưa ra là trên thực tế, còn tình trạng một vụ án nhưng có nhiều kết luận giám định khác nhau, gây khó khăn cho việc xử lý vụ án của cơ quan tiến hành tố tụng. Nhằm tạo cơ sở pháp lý thống nhất, bảo đảm chặt chẽ trong việc đánh giá, sử dụng kết luận giám định tư pháp, dự án Luật bổ sung quy định về căn cứ, cách thức đánh giá, sử dụng kết luận giám định tư pháp.
Theo đó, trong trường hợp có nhiều kết luận giám định khác nhau thì người tiến hành tố tụng đánh giá tính chính xác, khách quan của kết luận giám định căn cứ vào việc bảo đảm, đáp ứng các yếu tố sau đây trong quá trình thực hiện giám định: Trình độ chuyên môn, khả năng nghiệp vụ của người giám định; phương pháp, quy trình thực hiện giám định; trang thiết bị, phương tiện sử dụng thực hiện giám định; các yếu tố bảo đảm sự độc lập, khách quan của việc thực hiện giám định. Quy định này nhằm khắc phục tình trạng khó khăn, thiếu cơ sở trong đánh giá, sử dụng kết luận giám định hiện nay.