Thực trạng hiện nay là các thành viên Hợp tác xã (HTX) ký kết hợp đồng dịch vụ với các HTX để kinh doanh vận tải không thực hiện ủy quyền và không khai, nộp thuế cho cơ quan thuế, gây thất thu cho ngân sách nhà nước (NSNN).
Ngoài ra, các HTX chưa có quy chế giám sát, quản lý thành viên HTX. Nhiều thành viên HTX sau khi ký hợp đồng dịch vụ, hoạt động một thời gian thì dừng hoạt động hoặc chuyển địa bàn, tham gia vào HTX khác hoặc bán tài sản... nhưng không thanh lý hợp đồng, HTX không thu hồi phù hiệu, không báo cáo cho Sở Giao thông Vận tải (GTVT).
Để khắc phục những tồn tại, Cục Thuế cho biết đã xây dựng dự thảo quy chế quản lý thuế với hoạt động GTVT trên địa bàn, trong đó quy định thành viên HTX có trách nhiệm cung cấp thông tin doanh thu tính thuế và nộp tiền thuế cho HTX để HTX thực hiện khai thuế và nộp thuế thay vào NSNN.
HTX có trách nhiệm thực hiện thu hồi phù hiệu, biển hiệu của các thành viên không còn hoạt động kinh doanh vận tải và thu hồi phù hiệu theo đề nghị của cơ quan thuế với các trường hợp không thực hiện nghĩa vụ thuế, để nộp về Sở GTVT theo quy định.
Cục Thuế xây dựng mức doanh thu tối thiểu với từng loại hình kinh doanh vận tải để áp dụng khoán thuế đối với các cá nhân là thành viên HTX kinh doanh vận tải bằng ô tô trên địa bàn trong trường hợp thành viên HTX không xác định được doanh thu tính thuế khoán hoặc xác định không phù hợp thực tế kinh doanh.
Cục Thuế phối hợp Sở GTVT xây dựng cơ sở dữ liệu dùng chung về các HTX và các thành viên HTX hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh vận tải để cung cấp thông tin, chia sẻ dữ liệu và kịp thời xử lý các vi phạm.