Đối với hệ thống tổ chức của Đảng, Nghị quyết quy định: Trung ương quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, mối quan hệ công tác của cấp uỷ cấp tỉnh, cấp uỷ cấp huyện và cụ thể hoá cho cấp cơ sở; quy định khung quy chế làm việc của cấp uỷ. Cấp uỷ căn cứ quy định khung và đặc điểm, tình hình cụ thể để xây dựng quy chế làm việc của cấp mình và hướng dẫn cấp uỷ cấp dưới trực tiếp xây dựng quy chế làm việc. Nghiên cứu, xây dựng quy định về tiêu chuẩn, cơ cấu, số lượng, điều kiện, quy trình hợp lý để lựa chọn cấp uỷ viên, uỷ viên ban thường vụ cấp uỷ các cấp.
Kết thúc hoạt động của các Ban Chỉ đạo Tây Bắc, Tây Nguyên, Tây Nam bộ
Kết thúc hoạt động của các Ban Chỉ đạo Tây Bắc, Tây Nguyên, Tây Nam bộ. Tổ chức lại Đảng bộ Ngoài nước và Đảng bộ Bộ Ngoại giao theo hướng vừa bảo đảm quy định chung, vừa bảo đảm tính đặc thù nhằm tăng cường công tác xây dựng Đảng, nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của các tổ chức đảng ở ngoài nước. Chuyển Văn phòng Ban Chỉ đạo Cải cách tư pháp Trung ương về Ban Nội chính Trung ương và tổ chức lại cho phù hợp. Sắp xếp lại tổ chức bộ máy, đổi mới cơ chế hoạt động của các ban bảo vệ và chăm sóc sức khoẻ cán bộ theo hướng chuyển giao cơ sở vật chất, trang thiết bị, đội ngũ y, bác sĩ cho cơ sở y tế và sắp xếp, bố trí cán bộ, công chức, viên chức cho phù hợp.
Điều chỉnh, bổ sung, hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, mối quan hệ công tác của các đảng uỷ khối cơ quan theo hướng tinh gọn tổ chức bộ máy và tập trung vào một số nhiệm vụ công tác xây dựng Đảng, nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động. Đối với các đảng uỷ khối doanh nghiệp, tiếp tục nghiên cứu, tổ chức lại cho phù hợp với điều kiện mới ở cả Trung ương, địa phương nhằm nâng cao tính thực chất và hiệu quả hoạt động.
Rà soát, sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, mối quan hệ công tác của các loại hình tổ chức cơ sở đảng theo hướng tăng cường sự lãnh đạo toàn diện của Đảng ở cơ sở. Nhanh chóng khắc phục tình trạng thôn, tổ dân phố chưa có tổ chức đảng và sơ kết, đánh giá vai trò trưởng thôn, tổ trưởng tổ dân phố không phải là đảng viên để có giải pháp phù hợp trong việc bố trí, giới thiệu đảng viên ứng cử.
Giảm cơ bản số lượng tổng cục, cục, vụ, phòng
Đối với hệ thống tổ chức của Nhà nước ở Trung ương, Nghị quyết nêu rõ: Thực hiện tăng tỉ lệ đại biểu Quốc hội chuyên trách theo mục tiêu đã đề ra; nghiên cứu việc giảm hợp lý số lượng đại biểu Quốc hội kiêm nhiệm công tác ở các cơ quan hành pháp. Quy định số lượng với tỉ lệ hợp lý giữa lãnh đạo, uỷ viên thường trực, uỷ viên chuyên trách của Hội đồng Dân tộc và các uỷ ban của Quốc hội theo hướng giảm số lượng cấp phó và uỷ viên thường trực. Sắp xếp, cơ cấu lại tổ chức bên trong của Văn phòng Quốc hội theo hướng tinh gọn, hoạt động hiệu quả.
Chính phủ, các bộ, ngành tiếp tục thực hiện đổi mới, kiện toàn, sắp xếp tổ chức bộ máy theo hướng tập trung vào quản lý vĩ mô, xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, luật pháp, cơ chế, chính sách; nâng cao năng lực chỉ đạo, điều hành và hiệu quả tổ chức thực hiện; tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra việc chấp hành.
Khẩn trương rà soát, cương quyết sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, mối quan hệ công tác giữa các bộ, ngành và các tổ chức trực thuộc các bộ, ngành; khắc phục triệt để sự trùng lắp, chồng chéo chức năng, nhiệm vụ để một tổ chức có thể đảm nhiệm nhiều việc, nhưng một việc chỉ do một tổ chức chủ trì và chịu trách nhiệm chính. Rà soát, sắp xếp theo hướng giảm các tổ chức phối hợp liên ngành, nhất là các tổ chức có bộ phận giúp việc chuyên trách.
Các bộ, ngành, cơ quan thuộc Chính phủ chủ động rà soát, sắp xếp, tinh gọn đầu mối bên trong, giảm cơ bản số lượng tổng cục, cục, vụ, phòng; không thành lập tổ chức mới, không thành lập phòng trong vụ, trường hợp đặc biệt do cấp có thẩm quyền quyết định. Giảm tối đa các ban quản lý dự án.
Kiên quyết hợp nhất, sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp công lập để thu gọn đầu mối, giảm biên chế; thực hiện cơ chế khoán kinh phí theo nhiệm vụ được giao và sản phẩm đầu ra. Chuyển một số nhiệm vụ và dịch vụ hành chính công mà Nhà nước không nhất thiết phải thực hiện cho doanh nghiệp, các tổ chức xã hội đảm nhiệm.
Hợp nhất 3 văn phòng cấp huyện
Thực hiện thống nhất văn phòng cấp uỷ phục vụ chung các cơ quan tham mưu, giúp việc cấp uỷ cấp tỉnh; trưởng ban tuyên giáo đồng thời là giám đốc trung tâm bồi dưỡng chính trị cấp huyện. Cơ bản hợp nhất văn phòng cấp uỷ với văn phòng HĐND , UBND cấp huyện ở những nơi có đủ điều kiện.
Thí điểm việc kiêm nhiệm chức danh người đứng đầu hoặc hợp nhất một số cơ quan của Đảng và Nhà nước, cơ quan của Đảng và Mặt trận Tổ quốc có chức năng, nhiệm vụ tương đồng ở cấp tỉnh, cấp huyện những nơi có đủ điều kiện.
Cơ bản thực hiện mô hình bí thư cấp uỷ đồng thời là chủ tịch hội đồng nhân dân các cấp; thực hiện bí thư cấp uỷ đồng thời là chủ tịch UBND cấp huyện, cấp xã ở những nơi có đủ điều kiện.
Rà soát, sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy, mối quan hệ công tác của các cơ quan chuyên trách tham mưu, giúp việc của cấp uỷ từ Trung ương đến địa phương.