Trường Đại học Bách khoa Hà Nội áp dụng mức thu học phí được giữ nguyên như năm học trước, với các chương trình đào tạo chuẩn khoảng 17 - 25 triệu đồng, tuỳ vào số lượng tín chỉ sinh viên đăng ký. Học phí các chương trình tiên tiến bằng 1,3 - 1,5 lần chương trình chuẩn cùng ngành; các chương trình đào tạo quốc tế học phí từ 25 - 30 triệu đồng/học kỳ, tùy theo từng chương trình.
Nói về lý do chưa tăng học phí, Trường Đại học Bách Khoa nhấn mạnh bởi do chủ trương của Chính phủ là năm học này các trường đại học công lập chưa thực hiện thu học phí theo Nghị định 81, nghĩa là chưa tăng, giữ ổn định như năm 2021.
Vì thế, Trường ĐH Bách khoa Hà Nội sẽ thực hiện quy định thu học phí theo chủ trương của Chính phủ. Quyết định chính thức thì phải đợi văn bản của Chính phủ.
Tháng 6/2022, Trường ĐH Bách khoa Hà Nội thông báo mức học phí dự kiến năm học 2022-2023 đối với khóa nhập học năm 2022 (K67). Con số này có sự tăng nhẹ so với mức học phí của khóa nhập học năm 2021 (K66).