Theo Thông tư, việc lập, sử dụng và quản lý hồ sơ bệnh án điện tử tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đã được cấp giấy phép hoạt động theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh. Nguyên tắc thực hiện là mỗi người bệnh chỉ có một mã số quản lý, lưu trữ hồ sơ bệnh án điện tử tại một cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
Hồ sơ bệnh án điện tử phải tuân thủ việc bảo vệ thông tin cá nhân theo quy định tại Mục 2, Chương II Luật An toàn thông tin mạng. Như vậy, từ 1/3/2019, các cơ sở y tế sẽ bắt đầu áp dụng quy định hồ sơ bệnh án điện tử.