Theo cáo trạng, từ năm 2007 đến 2015, Mai và chồng đã đứng tên thành lập Công ty Cổ phần Tập đoàn UNET (Công ty Tập đoàn Unet), Công ty Cổ phần Giáo Đào tạo và Khoa học UNET (Công ty Khoa học UNET), Công ty Cổ phần Media Lotus Việt Nam và Công ty Cổ phần sản xuất thương mại xuất nhập khẩu viễn thông Unet (Công ty viễn thông Unet).
Ngày 6/8/2014, ông Mạc Anh Tuấn (TGĐ Công ty Tập đoàn Unet) có văn bản gửi UBND tỉnh Đồng Nai đề nghị triển khai Đề án thẻ thanh toán học phí cho học sinh. Sau khi nhận được văn bản trên, ngày 12/8/2014, UBND tỉnh Đồng Nai có công văn chỉ đạo Sở Giáo dục và Đào tạo làm việc với Công ty Tập đoàn Unet, báo cáo tham mưu đề xuất UBND tỉnh theo quy định hiện hành.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của UBND tỉnh, ngày 11/9/2014, sau khi làm việc với Công ty Tập đoàn Unet, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai đã đề xuất lên UBND tỉnh với nội dung: Sở ủng hộ việc xây dựng triển khai Đề án trên vì phù hợp với chủ trương của Chính phủ. Bởi việc sử dụng thẻ thanh toán sẽ tạo điều kiện thuận lợi trong việc quản lý tài chính tại cơ sở giáo dục, phụ huynh khi mở thẻ, ngoài việc thanh toán tiền học phí và các khoản thu khác theo quy định thì có thể được vay tiền trả học phí cho học sinh trước với thủ tục đơn giản, lãi suất thấp…. Do đó, ngày 12/1/2015, UBND tỉnh Đồng Nai đã có văn bản chấp thuận về chủ trương cho Công ty Tập đoàn Unet thực hiện thí điểm Đề án tại các cơ sở giáo dục trên địa bàn TP Biên Hòa, Đồng Nai.
Dù mới được chấp thuận về mặt chủ trương song ngày 29/1/2015, Trần Thị Ngọc Mai với tư cách Chủ tịch HĐQT Công ty khoa học Unet và ông Đào Đức Trình (Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai), không được Giám đốc Sở ủy quyền đã ký Bản thỏa thuận hợp tác đầu tư số 100 về việc triển khai Đề án. Bên cạnh đó, Mai còn ký quyết định chỉ định Công ty Media Lotus do Nguyễn Thành Long (chồng Mai) là Chủ tịch HĐQT kiêm TGĐ làm chủ đầu tư dự án Nước uống trường học thuộc Đề án thẻ trên.
Thực tế trong Đề án thẻ, không có Dự án nước uống trường học. Dự án nước uống học đường này cũng không được các cấp có thẩm quyền là UBND tỉnh Đồng Nai và Sở giáo dục tỉnh này phê duyệt. Thế nhưng, Mai và Long đã thông qua Công ty khoa học UNET và Media Lotus do vợ chồng Mai là Chủ tịch HĐQT, người đại diện theo pháp luật thực hiện các hành vi gian dối: Ký các tài liệu, giấy tờ để thể hiện là Dự án nước uống học đường được các cấp có thẩm quyền phê quyệt và Công ty Media Lotus là chủ đầu tư Dự án.
Cũng theo cáo trạng, Mai và chồng đã ký các tài liệu khống hoàn tất hồ sơ vay vốn, chiếm đoạt của một chi nhánh ngân hàng ở Hà Nội hơn 4,4 tỷ, sử dụng vào mục đích cá nhân.
Sau một ngày xét xử, HĐXX TAND TP Hà Nội đã tuyên trả hồ sơ điều tra bổ sung. Bởi quá trình thẩm vấn tại phiên tòa, đại diện Công ty TNHH Quốc tế GBS (là bên bán máy lọc nước cho công ty của vợ chồng Mai – Long) xuất trình một số tài liệu, chứng từ liên quan thể hiện việc ngoài số tiền 1,9 tỷ đồng đặt cọc, GBS còn nộp thêm hơn 2 tỷ đồng nữa. Xét thấy đây là tình tiết mới, không thể làm rõ ngay tại phiên tòa nên HĐXX đã quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
