Theo Đại tá Tuấn Anh, cơ quan chức năng quyết định dừng việc tìm kiếm vì đã hơn 4 ngày trôi qua, dù đã huy động tối đa tàu thuyền, nhân lực mở rộng các vùng tìm kiếm nhưng không có kết quả khả thi. Mặc dù dừng việc tìm kiếm nhưng trước mắt, BĐBP vẫn chỉ đạo tàu cứu hộ của BĐBP tỉnh quay về đảo Lý Sơn để sẵn sàng ứng phó khi có diễn biến mới. Các ngư dân, chủ tàu đánh bắt cá cũng được thông báo về việc thông tin kịp thời cho lực lượng chức năng khi phát hiện những bất thường hay các thi thể nổi trên biển.
Làm việc với cơ quan chức năng, ông Lê Văn Tài, thuyền viên tàu Mỹ An 25, neo đậu ở cảng Kỳ Hà, gần tàu kéo sà lan chở đá ra Lý Sơn cho biết có "4 công nhân đã sang tàu này để tránh sự kiểm tra của biên phòng". Sau đó, khi tàu kéo rời cảng đã cập vào tàu Mỹ An 25 chở 4 công nhân theo. Một thuyền viên khác trên tàu Mỹ An 25 cũng khai báo tương tự.
Lời khai của ông Tài làm rõ thêm thông tin mà ông Lê Văn Trung (ngụ Long An, người thân của một trong 4 nạn nhân đã tìm thấy thi thể) cung cấp cho cơ quan chức năng trước đó. Ông Trung cho hay, sau khi biết em rể tử vong trong vụ chìm tàu, ông từ Long An ra Quảng Ngãi nhận dạng thi thể. Sau khi đối chiếu thông tin từ ông Trung, cơ quan chức năng phát hiện 4 người đã tìm thấy thi thể đều không có trong danh sách đăng ký xuất bến ở cảng Kỳ Hà.
Theo báo cáo của Trạm kiểm soát biên phòng Kỳ Hà, vào 10h30 ngày 23/4, ông Nguyễn Tài Thịnh, Phó Giám đốc Cty Lý Tuấn (đơn vị thuê tàu kéo theo sà lan), làm thủ tục xuất bến với hồ sơ gồm hơn 1.236 tấn đá hộc, 1 máy đào 28 tấn và 5 thuyền viên do ông Phạm Văn Hiệp (51 tuổi, quê Long An) làm thuyền trưởng.
Sau khi hoàn tất thủ tục ở biên phòng, đại diện Cty Lý Tuấn đến Cảng vụ hàng hải Quảng Nam và được cảng vụ cấp giấy phép rời bến. Sau đó, ông Thịnh đưa giấy phép và giấy tờ liên quan cho thuyền trưởng Hiệp. Tiếp đến, BĐBP đã xuống tàu để kiểm đếm, đối chiếu với danh sách và cho tàu kéo và sà lan xuất bến bến lúc 11h50 cùng ngày.
Đại diện Cty Lý Tuấn khẳng định chỉ làm xong thủ tục rồi quay về, không biết trên tàu có thêm 4 người ngoài danh sách.
Trung tá Đỗ Xuân Trinh, Phó Tham mưu trưởng Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh, nhận định khả năng có tổng cộng 9 nạn nhân trên tàu kéo chứ không phải là 5 như trong danh sách đăng ký. Theo Trung tá Trinh, khi tàu rời cảng Kỳ Hà, trách nhiệm bảo đảm an toàn cho phương tiện và thuyền viên trên tàu thuộc về thuyền trưởng do Cty Lý Tuấn thuê. Ngoài ra, cần căn cứ vào hợp đồng giữa Cty Lý Tuấn (đơn vị thuê tàu) và Cty Minh Linh (chủ tàu) để xác định trách nhiệm của các bên khi xảy ra tai nạn.
Trước đó, như PLVN đã phản ánh, sáng 24/4, tàu kéo sà lan chở đá thi công đê chắn sóng cho cảng Bến Đình (đảo Lý Sơn) đã bị chìm. Dữ liệu trên trang Marine Traffic cho thấy tín hiệu cuối cùng của tàu kéo sà lan phát ra lúc gần 2h ngày 24/4, cách đảo Lý Sơn 5km về phía đông bắc. Hiện 4 thi thể đã được tìm thấy và những người này đều không có tên trong danh sách đăng ký xuất bến.
Làm việc với cơ quan chức năng, người nhà 5 thuyền viên (có trong danh sách đăng ký) khẳng định các thuyền viên đi trên tàu gặp nạn. Tối 23/4, có người còn thông báo cho gia đình tàu sắp cập đảo Lý Sơn.