Các luật sư bào chữa và các bị cáo đã tham gia đối đáp, tranh luận với đại diện Viện Kiểm sát, đồng thời phân tích nhiều luận điểm nhằm gỡ tội cho thân chủ của mình. Bào chữa cho bị cáo Phan Văn Anh Vũ, luật sư Nguyễn Hữu Thế Trạch cho rằng việc giảm giá bán nhà đất 319 Lê Duẩn (phường Tân Chính, quận Thanh Khê, thành phố Đà Nẵng) là chủ trương của UBND thành phố Đà Nẵng chứ không phải Phan Văn Anh Vũ lợi dụng danh nghĩa công ty bình phong để ép thành phố Đà Nẵng phải giảm giá cho mình.
Theo luật sư, trong việc mua bán nhà đất 319 Lê Duẩn, không có văn bản nào của Bộ Công an giúp đỡ, hỗ trợ nên không có dấu hiệu của tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” đối với bị cáo Phan Văn Anh Vũ.
Về vấn đề này, cáo trạng của Viện Kiểm sát nêu rõ: Ngày 3/9/2009, Phan Văn Anh Vũ đã làm Tờ trình số 02/TT-79 gửi đồng thời Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng và Tổng cục V, Bộ Công an xin mua nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước tại số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng để phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ. Ngày 11/9/2009, UBND thành phố Đà Nẵng có Văn bản số 5970/UBND-QLĐTh cho phép chuyển nhượng nhà, đất số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng cho Công ty cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79. Như vậy, bản thân bị cáo Phan Văn Anh Vũ đã lợi dụng danh nghĩa doanh nghiệp bình phong và mục đích phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ của ngành Công an để đề nghị được ưu đãi trong việc mua nhà đất 319 Lê Duẩn.
Mặt khác, sau khi Công ty cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79 được nhận quyền sử dụng nhà đất số 319 Lê Duẩn, ngày 29/3/2010, Phan Văn Anh Vũ đã đề nghị và được UBND thành phố Đà Nẵng đồng ý chuyển đổi tên người nhận quyền sử dụng đất từ Công ty cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79 sang cho mình. Sau đó, Phan Văn Anh Vũ đã cho Công ty TNHH Pizza, chi nhánh Đà Nẵng thuê nhà đất này với giá 110 triệu đồng/tháng và sau này nâng lên 121 triệu đồng/tháng. Tính đến thời điểm bị bắt (tháng 1/2018), Phan Văn Anh Vũ đã được hưởng lợi từ việc cho thuê nhà đất này là hơn 5,2 tỷ đồng. Như vậy, theo Viện kiểm sát, hoàn toàn có cơ sở để xác định bị cáo Phan Văn Anh Vũ phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Việc Phan Văn Anh Vũ chuyển quyền sử dụng một số nhà đất sang tên mình, luật sư Trạch biện hộ, năm 2008 suy thoái kinh tế toàn cầu, Công ty cổ phần Bắc Nam 79 cũng bị ảnh hưởng và không có tiền nộp trong 30 ngày theo như quy định của UBND thành phố Đà Nẵng. Do đó, Hội đồng quản trị Công ty đã họp và ra nghị quyết vay 6,8 tỷ đồng của Phan Văn Anh Vũ để nộp cho kịp thời hạn và tạm thời để bị cáo Vũ đứng tên trên giấy Chứng nhận quyền sử dụng nhà, đất. Nghị quyết cũng đồng thời có nội dung ràng buộc bị cáo Vũ không được bán, chuyển nhượng, cầm cố mà chỉ được sản xuất kinh doanh tại nhà đất này. Khi Công ty đủ tiền sẽ trả cho bị cáo Vũ và nhận lại giấy chứng nhận.
Đối với lập luận này, quan điểm của Viện kiểm sát trong phần luận tội cho rằng: Sau khi được thuê, mua, nhận chuyển nhượng ưu đãi 7 dự án, Phan Văn Anh Vũ không sử dụng vào mục đích hoạt động nghiệp vụ mà chuyển đổi thành tài sản cá nhân mang tên Phan Văn Anh Vũ hoặc chuyển nhượng, liên doanh, liên kết với cá nhân, tổ chức khác nhằm thu lợi bất chính, gây thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước với số tiền hơn 1.159 tỷ đồng.
Trong cả phần xét hỏi và phần tranh tụng, hai bị cáo Bùi Văn Thành (cựu Trung tướng, Thứ trưởng Bộ Công an) và Trần Việt Tân (cựu Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an) đều thừa nhận đã thiếu trách nhiệm, không kịp thời phát hiện các sai phạm của Vũ để chấn chỉnh, ngăn chặn dẫn tới để xảy ra hậu quả gây thiệt hại như cáo trạng truy tố. Bị cáo Bùi Văn Thành cũng thừa nhận việc Phan Văn Anh Vũ sau khi được nhận chuyển nhượng dự án tại địa chỉ 129 Pasteur (Quận 3, TP Hồ Chí Minh) đã chuyển nhượng lại cho doanh nghiệp khác thì mục đích phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ của ngành không đạt được đúng như yêu cầu đặt ra.
Trước đó, trong phiên tòa buổi sáng cùng ngày, Viện kiểm sát đã đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Phan Văn Anh Vũ mức án từ 14-15 năm tù, đề nghị phạt Nguyễn Hữu Bách (SN 1963, cựu Đại tá, Phó Cục trưởng Cục B61, Tổng cục V, Bộ Công an) từ 7-8 năm tù; bị cáo Phan Hữu Tuấn (SN 1955, cựu Trung tướng, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục V, Bộ Công an) bị đề nghị từ 6-7 năm tù về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Bị cáo Trần Việt Tân bị đề nghị mức án từ 36-42 tháng tù và Bùi Văn Thành bị đề nghị mức án 30-36 tháng tù về cùng tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”. Ngoài án phạt tù, Viện kiểm sát còn đề nghị Tòa tuyên cấm năm bị cáo đảm nhiệm các chức vụ trong lực lượng Công an từ 3-5 năm sau khi chấp hành xong bản án.
Sáng 30/1, phiên tòa tiếp tục phần đối đáp giữa đại diện Viện kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa, các luật sư và các bị cáo.
