Phát biểu quan điểm luận tội đối với các bị cáo, đại diện VKS cho rằng bị cáo Nguyễn Đức Chung có mối quan hệ thân quen với Bùi Quang Huy (TGĐ Công ty Nhật Cường). Sau khi Huy đề xuất tạm dừng gói thầu số hóa, bị cáo Chung chỉ đạo dừng thực hiện gói thầu trái quy định của pháp luật.
Sau đó, Nguyễn Đức Chung yêu cầu Sở KH&ĐT phải trao đổi, làm việc với Công ty Nhật Cường Software để thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp, trước khi tiếp tục thực hiện gói thầu số hóa năm 2016. Đồng thời, Công ty Minh Hoa (do vợ ông Chung làm GĐ) ký kết hợp đồng kinh tế khống với Công ty Nhật Cường để Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh hợp thức hóa hồ sơ năng lực dự thầu và trúng thầu.
Theo đại diện VKS, bị cáo Nguyễn Đức Chung chỉ đạo dừng thầu không đúng quy định, tạo điều kiện cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu. Hành vi của bị cáo đã xâm phạm đến tính đúng đắn, uy tín của cơ quan Nhà nước.
Tại tòa, bị cáo Chung khẳng định việc yêu cầu Sở KH&ĐT Hà Nội đình chỉ việc thực hiện gói thầu là đúng thẩm quyền. Mặt khác khi thực hiện gói thầu, Sở KH&ĐT thực hiện không đúng chỉ đạo của thành phố và việc đồng ý cho làm thí điểm điểm số hóa vì liên quan đến công nghệ mới, không liên quan đến gói thầu.
Nhưng với kết quả thẩm vấn và các tài liệu khác có trong hồ sơ, đại diện VKS cho rằng, có đủ căn cứ cơ sở xác định bị cáo Nguyễn Đức Chung vẫn dùng email chunghinhsu@gmail.com để trao đổi thông tin, liên lạc việc thực hiện gói thầu số hóa. Việc bị cáo chỉ đạo dừng thầu là do Bùi Quang Huy tác động.
Bị cáo Nguyễn Đức Chung có nhân thân tốt, quá trình điều tra và tại tòa, bị cáo khai nhận toàn bộ hành vi, bị cáo được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang và có nhiều thành tích, bằng khen trong công tác… nên đề nghị HĐXX xem xét giảm nhẹ cho bị cáo khi lượng hình.
Đối với bị cáo Nguyễn Văn Tứ, đại diện VKS cho rằng, bị cáo với chức vụ GĐ Sở KH&ĐT, là người có thẩm quyền thực hiện gói thầu. Bị cáo quyết định dừng thầu theo chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Đức Chung, chỉ đạo cấp dưới tham mưu, soạn thảo, ban hành thông báo dừng thầu trái quy định.
Sau đó, bị cáo chỉ đạo cho Nhật Cường vào làm thí điểm, đưa thêm yêu cầu cập nhật công nghệ số hóa đã được thực hiện trong quá trình thí điểm (mặc dù kết quả thí điểm không đạt yêu cầu), thêm yêu cầu phải cập nhật hệ thống dữ liệu dùng chung thành phố trong khi thành phố chưa có hệ thống dùng chung để sửa đổi hồ sơ mời thầu, tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng gói thầu số hóa năm 2016.
Theo đánh giá của đại diện VKS, hành vi của bị cáo đã can thiệp bất hợp pháp vào công tác đấu thầu, gây thiệt hại hơn 18 tỷ đồng.
Bị cáo khai nhận toàn bộ hành vi của mình, tỏ ra ăn năn, đã vận động gia đình nộp 300 triệu đồng, là số tiền mà Nhật Cường biếu Tết. Ngoài ra, bị cáo có nhân thân tốt, được tặng thưởng nhiều bằng khen, quá trình điều tra đã tích cực hợp tác với CQĐT, có thể áp dụng các tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo.
Sau một hồi phân tích, đại diện VKS đề nghị HĐXX tuyên phạt cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung mức án từ 3 - 4 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Đối với các bị cáo còn lại bị truy tố tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, đại diện VKS đề nghị tuyên phạt Nguyễn Văn Tứ (nguyên Chánh Văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội): 36- 42 tháng tù, Phạm Thị Kim Tuyến (nguyên Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở KH&ĐT Hà Nội): 5 - 6 năm tù; Phạm Thị Thu Hường (nguyên Chánh Văn phòng Sở KH&ĐT Hà Nội): 4 - 5 năm tù; Lê Duy Tuấn (Giám đốc kinh doanh Công ty TNHH đầu tư và phát triển Đông Kinh): 4 - 5 năm tù; Võ Việt Hùng (nguyên Giám đốc Công ty TNHH đầu tư và phát triển Đông Kinh): 5 - 6 năm tù; Nguyễn Tiến Học (nguyên Phó Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội): 36 - 42 tháng tù.
Về dân sự, đại diện VKS đề nghị HĐXX buộc Công ty Đông Kinh phải bồi thường 6 tỷ đồng; buộc các bị cáo thuộc Sở KH&ĐT và bị cáo Tuấn, Duy phải liên đới bồi thường số tiền còn lại. Đề nghị HĐXX dành quyền khởi kiện cho các bị cáo nếu họ có yêu cầu buộc ông chủ Nhật Cường phải bồi thường số tiền trên cho nhà nước khi bắt được Bùi Quang Huy.
