Theo hướng dẫn, cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng hướng dẫn tại Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính. Trường hợp trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, phát hiện người nộp thuế (NNT) có
dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, pháp luật hải quan hoặc trường hợp nếu NNT không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế thay đổi việc áp dụng hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của NNT đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện hồ sơ kiểm tra trước, hoàn thuế sau; việc phê duyệt thay đổi áp dụng hình thức phân loại phải được cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ và phải được thông báo cho DN theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2006.
Theo hướng dẫn, Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về Quyết định hoàn thuế và tổ chức thực hiện việc giải quyết hoàn thuế theo đúng trách nhiệm, thẩm quyền quy định tại khoản 3 Điều 58 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính và Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế; rà soát các trường hợp thường xuyên phát sinh hoàn thuế và phân cấp Cục Thuế trực tiếp quản lý thuế theo hướng dẫn tại Thông tư 127/2015/TT-BTC ngày 21/8/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn cấp mã số DN thành lập mới và phân công cơ quan thuế quản lý đối với DN.
Đồng thời, để thực hiện quy định tại khoản 3 Điều 23 Thông tư 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 về quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể: Cục Thuế phải thực hiện cập nhật đầy đủ tờ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế và các thông tin liên quan đến quá trình giải quyết hoàn thuế cho NNT, đồng thời gửi danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT về Tổng cục Thuế qua hệ thống thư điện tử.
Kể từ thời điểm nhận được danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT của Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giám sát, kiểm tra hồ sơ giải quyết hoàn thuế trên Hệ thống quản lý thuế của ngành thuế (TMS, TTR).
Trường hợp Cục Thuế đã thực hiện đầy đủ, đúng quy định, trong thời gian không quá 6 giờ làm việc, Tổng cục Thuế thông báo kết quả giám sát hoàn thuế GTGT (hồ sơ đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc hồ sơ không đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế, gửi Cục Thuế qua hệ thống thư điện tử. Căn cứ kết quả thông báo của Tổng cục Thuế, Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế và tự động cập nhật hệ thống cơ sở dữ liệu về NNT quyết định này.
Công văn hướng dẫn cũng lưu ý, thời gian giám sát, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của Tổng cục Thuế không tính trong thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Cục Thuế.
Liên quan đến việc thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, công văn hướng dẫn: Căn cứ kế hoạch thanh tra, kiểm tra của từng Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giao cụ thể chỉ tiêu kế hoạch thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và đảm bảo theo đúng quy định tại Điều 23 Thông tư 204/2015/TT-BTC và theo đúng quy định của pháp luật.
Được biết, một vấn đề mà các DN rất quan tâm là việc hạch toán bù trừ cho nhau giữa số tiền DN nợ ngân sách nhà nước và số tiền ngân sách nhà nước phải hoàn thuế cho DN vẫn chưa được hướng dẫn trong văn bản này…
